مجلس خبرگان رهبری در سال 1364 آیت‌الله منتظری را به عنوان جانشین روح‌الله خمینی برای ادامه رهبری انقلاب اسلامی پس از مرگ او برگزید.

بازداشت و اعدام مهدی هاشمی، برادر داماد آیت‌الله منتظری که در افشای ماجرای «ایران – کنترا» نقش داشت و اعدام هزاران زندانی سیاسی دیگر در سال 67 اختلافاتی میان آیت‌الله خمینی و آیت‌الله منتظری را رقم زد چنان‌چه در سال 68 آیت‌الله خمینی با انتشار نامه‌ای برکناری آیت‌الله منتظری از قائم مقامی خود را با عنوان استعفای او اعلام کرد.