پس از مخالفت غلامحسین محسنی اژه‌ای، وزیر اطلاعات و چند وزیر دیگر با محمود احمدی‌نژاد در جلسه هیات دولت به دلیل تاخیر در برکنار کردن اسفندیار رحیم‌مشایی از معاون اولی و بیرون رفتن اعتراض آنها از آن جلسه، همچنین مخالفت محسنی اژه‌ای با پخش اعترافات بازداشت شدگان حوادث پس از انتخابات از تلویزیون، احمدی‌نژاد او را از وزارت برکنار کرد.

۲۱۰ نماینده مجلس هشتم در نامه‌ای که در صحن علنی مجلس خوانده شد، از محسنی اژه‌ای قدردانی کردند. مجید علوی، معاون وزیر اطلاعات، حکم سرپرستی وزارتخانه را نپذیرفت و احمدی‌نژاد خود سرپرستی آن را برعهده گرفت.

حیدر مصلحی از مجلس هشتم برای وزارت اطلاعات رای اعتماد گرفت. در این جلسه، مصطفی کواکبیان به عنوان مخالف، وزارت اطلاعات را «وزارتی حاکمیتی» دانست. کواکبیان گفت «این وزارتخانه نباید در اختیار یک جناح خاص باشد» و اعتقاد به این ویژگی باید در مورد مصلحی بررسی شود. او در نطق خود از مصلحی پرسید که آیا تغییرات ماه‌های گذشته در وزارت اطلاعات را می‌پذیرد؟ و اگر می‌پذیرد، او نیز می‌خواهد که وزیر «مصلوب‌الاراده» باشد.

پس از برکناری منوچهر متکی از وزارت خارجه، مهرداد بذرپاش از ریاست سازمان ملی جوانان و محمد علی رامین از معاونت مطبوعاتی وزارت ارشاد، برخی از منابع خبری از استعفا یا برکناری وزیر اطلاعات هم خبر دادند، اما این خبر در زمان کوتاهی تکذیب شد. همان منابع خبری در همان هنگام گفتند که رهبر جمهوری اسلامی مخالف کنار رفتن مصلحی از وزارت اطلاعات است.

حیدر مصلحی، وزیر اطلاعات در یک برنامه زنده تلویزیونی گفت که این وزارتخانه «با اقتدار با توطئه‌ها برخورد می‌کند». مصلحی گفت که دستگاه اطلاعاتی و امنیتی کشور توانسته «۲۰ درصد از پیچیدگی‌های» مسائل مرتبط با انتخابات خرداد ۸۸ را کشف کند. وزیر اطلاعات با متهم‌کردن میرحسین موسوی به تلاش برای «براندازی دین»، اعتراض‌های خیابانی مردم در ۲۵ بهمن را توطئه «عوامل سیا»، «ضدانقلاب خارج از کشور» و «بهاییان» دانست.

رهبر جمهوری اسلامی به بازدید شش ساعته از وزارت اطلاعات رفت و در جمع کارکنان این وزارتخانه سخنرانی کرد. آقای خامنه‌ای در این دیدار بر این موارد تاکید کرد: لزوم نگاه كلان، راهبردی و عمیق، حفظ انسجام در وزارت اطلاعات، لزوم نگاه فراجناحی و فراگروهی، و دقت، حساسیت در قبال نفوذ دشمن و جریان‌های معیوب فكری و سیاسی و استفاده از تجارب نیروهای مجرب.

در شامگاه این روز، وب‌سایت رسمی ریاست جمهوری نوشت که محمود احمدی‌نژاد «استعفای وزیر اطلاعات» را پذیرفته و سرپرستی این وزارتخانه را خودش بر عهده گرفته است. او همچنین حیدر مصلحی را در حكمی جداگانه به عنوان «مشاور رئیس‌جمهور در امور اطلاعاتی» منصوب كرد. محمود احمدی‌نژاد با استناد به اصل ۱۳۵ قانون اساسی جمهوی اسلامی، استعفای وزیر اطلاعات پذیرفته است.

استعفای هیات وزیران یا هر یک از آنان به رئیس‌جمهور تسلیم می‌شود و [...] رئیس‌جمهور می‌تواند برای وزارتخانه‏هایی که وزیر ندارند، حداکثر برای مدت سه ماه سرپرست تعیین نماید.

خبر پذیرش استعفای مصلحی توسط احمدی‌نژاد، روی خروجی خبرگزاری رسمی دولت جمهوری اسلامی (ایرنا) منتشر شد.

ساعاتی پس از اعلام پذیرش استعفای مصلحی از وزارت اطلاعات در شامگاه یک‌شنبه، خبرگزاری‌های رسمی کشور از جمله فارس، مهر و ایسنا به جز ایرنا، خبر استعفا را حذف کردند و نوشتند که این تغییر با مخالفت آیت‌الله خامنه‌ای روبه‌رو شده و وزیر اطلاعات در سمت خود باقی می‌ماند.

صدا و سیمای جمهوری اسلامی در بخش‌های خبری خود به اصل خبر پذیرش استعفای وزیر اطلاعات و سپس مخالفت آیت‌الله خامنه‌ای با آن، هیچ اشاره‌ای نکرد.

خبرگزاری جمهوری اسلامی در نیمه‌شب به وقت تهران، خبر مخالفت آیت‌الله خامنه‌ای با استعفای وزیر اطلاعات را «شایعه، سانسور و ادعاهای خلاف واقع» خواند و آن را «سناریوی تازه علیه دولت» بر شمرد. ایرنا نوشت: تا ساعات پایانی یک‌شنبه شب، رئیس‌جمهوری هیچ پیامی که منعکس‌کننده نظر مقام معظم رهبری در این خصوص باشد، دریافت نکرده است [... و] بر اساس شناختی كه از رهبر عزیز و مولا و مقتدای خویش داریم، بر این باوریم كه ایشان در تعامل با مقامات و دستگاه‌های مختلف، همواره بسیار صریح و شفاف عمل می‌كنند.

علی‌اکبر جوانفکر، مدیرعامل خبرگزاری جمهوری اسلامی، نیمه‌شب در وبلاگ خود به انتشار خبر مخالفت آیت‌الله خامنه‌ای با کناررفتن مصلحی واکنش نشان داد و رسانه‌های اصول‌گرا را به خبرسازی هماهنگ علیه دولت متهم کرد. جوانفکر نوشت که این رسانه‌ها می‌خواهند آیت‌الله خامنه‌ای را در مقابل عمل انجام‌شده قرار داده و او را وادار به سکوت کنند. او انتشار خبر مخالفت رهبری را «بسیار زشت، غیر اخلاقی و مشکوک» و رویه این خبرگزاری‌ها بر شمرد.

حیدر مصلحی در وزارت اطلاعات حاضر شد و در مراسم تودیع یکی از معاونانش شرکت کرد. گفته شده که دلیل برکناری آقای مصلحی، برکنار کردن همین معاون بوده است.

روزنامه ایران، معاون برکنارشده وزیر اطلاعات را حسین عبداللهی، رئیس ستاد وزارتخانه، معرفی کرد و نوشت که او «از نیروهای باتجربه و دیرپای وزارت اطلاعات محسوب می‌شود» که در وزارت اطلاعات به عنوان یکی از طرفداران احمدی‌نژاد شناخته می‌شد.

گروهی از نمایندگان اصول‌گرای مجلس از جمله اسماعیل کوثری و مرتضی آقاتهرانی با کنار رفتن حیدر مصلحی از وزارت اطلاعات مخالفت کرده و بر لزوماجرای دستور رهبر جمهوری اسلامی تاکید کردند.

وبلاگ علی‌اکبر جوانفکر، مدیرعامل خبرگزاری جمهوری اسلامی هک شد. هک کننده این وبلاگ به جوانفکر هشدار داد که »در حدی نیست» که بخواهد در مورد تصمیم و دستور رهبر جمهوری اسلامی اظهارنظر کند نباید دیگر چنین «خطایی» کند.

وب‌سایت روزنامه جوان، ارگان سپاه پاسداران، از بهره‌برداری سیاسی دولت از اسناد طبقه‌بندی‌شده جمهوری اسلامی علیه مخالفان خود ابراز نگرانی کرد. این روزنامه بدون اشاره به نام، نوشت: یک جریان انحرافی تلاش دارد با بهره‌برداری خاص و خروج برخی اسناد، مقاصد خود را تامین و از عنصر اطلاعات به عنوان اهرمی برای ترغیب و تهدید برخی از جریان‌ها و چهره‌های سیاسی و پیشبرد اهداف سود بجوید.

سایت «دولت یار» از هواداران دولت احمدی‌نژاد در تحلیلی نوشت که اصول‌گرایان تلاش‌ برای کسب کرسی‌های مجلس از طریق تخریب دولت محمود احمدی‌نژاد را آغاز کرده‌اند.

سایت «محرمانه‌نیوز»، هودار محمود احمدی‌نژاد، نوشت که سازمان جاسوسی موساد می‌خواهد با نفوذ به جریان اصول‌گرایی، دولت را تخریب کندد و این برنامه با نام «حمایت از ولایت و مولای مسلمین» در دست طراحی و اجرا است. این سایت از جمله به خبرگزاری فارس در پیگیری این جریان اشاره کرد.

حسین شریعتمداری، مدیرمسئول و نماینده آیت‌الله خامنه‌ای در روزنامه کیهان، در سرمقاله این روز نوشت که اسفندیار رحیم‌مشایی «همه‌کاره دولت» است و او را متهم کرد که با «باند منحرف و نفوذی» خود محمود احمدی‌نژاد را تحت تسلط خود درآورده است.شریعتمداری تلویحا نوشت که این «باند» باید از دولت عزل شود، نه وزیر اطلاعات. او همچنین از احمدی‌نژاد انتقاد کرد که «چرا دست این باند منحرف و نفوذی را کوتاه نمی‌کند».

و‌بسایت «باکری آنلاین» که نزدیک به اسفندیار رحیم‌مشایی شناخته می‌شود، نوشت: حیدر مصلحی نیرو‌های سپاه را در این وزارتخانه به کار گرفته و حسین طائب «سرکرده باند مخالف دولت» در داخل و خارج وزارت اطلاعات است. این وب‌سایت پیش‌تر نوشته بود که کار احمدی‌نژاد در کنار گذاشتن وزیر اطلاعات، «شجاعانه» بود. باکری آنلاین همچنین ادعا کرد که مصلحی «در پی جلسات سازمان‌یافته با اعضای یک باند امنیتی‌اقتصادی» برخی از معاونان با سابقه وزارت اطلاعات را عزل کرده است و حسین طائب، رئیس سازمان اطلاعات سپاه، سرحلقه امنیتی آن است.

«بولتن نیوز، نزدیک به نهادهای امنیتی، نوشت که این وزارت اطلاعات باید از کنترل دولت خارج شود و در قالب «سازمان اطلاعات» غیروابسته به دولت کار خود را ادامه دهد. این وب‌سایت تنش‌ها میان رهبر جمهوری اسلامی و احمدی‌نژاد درباره ادامه کار مصلحی را کار «منافقان جدید» دانست.

حسین الله‌کرم، دبیر شورای هماهنگی گروه «حزب‌الله»، از حمایت محمود احمدی‌نژاد از اسفندیار رحیم‌مشایی انتقاد کرد و گفت که دولت در رویدادهای پس از انتخابات ۸۸ خود را پشت رهبر جمهوری اسلامی پنهان کرد.

وب‌سایت «دولت یار»، ادعا کرد که محمود احمدی‌نژاد در نشستی با آیت‌الله خامنه‌ای قرار گذاشته بودند که حیدر مصلحی از وزارت اطلاعات برکنار شود. این خبر از وب‌سایت حذف شد. این وب‌سایت هوادار دولت تهدید کرد که اگر فشار به دولت از سوی اصولگرایان ادامه پیدا کند و آنها بخواهند دولت را سرنگون کنند، باید منتظر «زد و خورد‌های خونین و بی‌قاعده» در کشور باشند. در نوشته دیگری در وب‌سایت دولت‌یار این اخطار به منتقدان دولت احمدی‌نژاد منتشر شد: کاری نکنید دکتر [احمدی‌نژاد] مهر را از دهان بردارد که اگر چنین شود با مردم خشمگینی طرف خواهید بود که فتنه شما را در نیمی از روز جمع خواهند کرد.

روزنامه کیهان در ستون طنز روزانه «گفت و شنود» ادعا کرد که حیدر مصلحی اساسا از وزارت اطلاعات استعفا نداده است.

۲۱۶نماینده مجلس در بیانیه‌ای خطاب به محمود احمدی‌نژاد، خواستند که از رهبر جمهوری اسلامی پیروی کرده و صریحا از وزیر اطلاعات حمایت کند. به نظر آنها تغییر وزیر اطلاعات «به صلاح نیست» و مصلحی همچنان وزیر اطلاعات است.

وب‌سایت رهبر جمهوری اسلامی نامه‌ای از آیت‌الله خامنه‌ای خطاب به حیدر مصلحی منتشر کرد که در آن آمده است: از شما می‌خواهم بیش از پیش در انجام ماموریت‌های مهم داخلی و خارجی وزارت اطلاعات اهتمام به خرج دهید. تاریخ این نامه روز سه‌شنبه ۳۰ فروردین ثبت شده است.

وب‌سایت مشرق، منتقد اسفندیار رحیم‌مشایی نوشت که حیدر مصلحی هنگام نماز ظهر در نمازخانه وزارت اطلاعات و در جمع کارکنان این وزارتخانه سخنرانی کرد و متن نامه آیت‌الله خامنه‌ای به خود را‍ خواند.

خبرآنلاین به نقل از محسن رضایی، دبیر مجمع تشخیص مصلحت نظام و فرمانده پیشین سپاه پاسداران نوشت: در اکثر کشورهای پیشرفته دنیا، «اطلاعات» یک مساله حاکمیتی و فراتر از امور اجرایی است، لذا در کشور ما نیز در شرایط مناسبی، می‌توان وزارت اطلاعات را تبدیل به سازمان اطلاعاتی کرد. رضایی «سازمان اطلاعات» را به سازمان صدا و سیما تشبیه کرد که فراتر از قوای کشور و زیرنظر رهبر جمهوری اسلامی است.

محمدرضا نقدی، فرمانده سازمان بسیج، از سرپیچی دولت از فرمان آیت‌الله خامنه‌ای و کنار گذاشتن مصلحی از وزارت اطلاعات با عنوان «انحراف» نام برد و گفت که «فتنه» پیچیده‌تری از رویدادهای پس از انتخابات در حال شکل گیری است. نقدی همچنین از مخالفان نفوذ اسفندیار رحیم مشایی در دولت است.