محمود احمدی‌نژاد، رئیس جمهوری ایران، در واکنش به سخنان رئیس مجلس که ادغام وزارت‌خانه‌ها را بدون تصویب مجلس غیرقانونی دانسته بود، گفت: «رئیس مجلس ظاهرا فکر می‌کنند عین قانون هستند، این تصور درستی نیست.»
آقای احمدی‌نژاد در نشست هیئت دولت روز چهارشنبه ۲۱ اردیبهشت ماه، یک بار دیگر دولت‌های نهم و دهم را قانونمندترین دولت‌های تاریخ کشور خواند و گفت: «اجرای قانون به عهده قوه مجریه است، اما متاسفانه عده‌ای با طرح برخی مطالب در تلاش هستند که به زعم خود دولت را به اقدام خلاف قانون متهم کنند.»
او گفت: «در کشور مرجعی برای رسیدگی به تخلفات قانونی وجود دارد و رئیس مجلس نمی‌تواند شخصا به تخلفات رسیدگی کند. این وظیفه برعهده دیوان عدالت اداری کشور است و اگر اختلافی میان قوا بروز کرد، رهبری این مسئله را حل می‌کند.»
رئیس جمهوری در ادامه افزود: «برخی تصور می‌کنند که خود صاحب کار هستند و دولت کارگر آنان است، ولی بهتر است مجلس وظایف خود را انجام دهد و اجازه دهد قوه مجریه نیز وظیفه‌اش را براساس قانون انجام دهد.»
آقای احمدی‌نژاد با اشاره به ماده ۵۳ قانون برنامه پنجم، مبنی بر کاهش وزارت‌خانه‌ها، گفت: «در این ماده دولت مکلف شده چند وزارت‌خانه را به تشخیص خود ادغام کند و تعداد آنها را ۱۷ وزارت‌خانه کاهش دهد. همچنین بر اساس این ماده اگر وزارت‌خانه جدیدی تاسیس شد، دولت موظف است شرح وظایف آن را به مجلس ارائه دهد، دولت در حال حاضر مشغول این کار است و متهم کردن دولت کار درستی نیست.»
او از جمله به ادغام وزارت‌خانه معادن و وزارت‌خانه فلزات و صنایع سنگین اشاره کرد و گفت که در گذشته نیز ادغام وزارت‌خانه‌ها سابقه داشته و «مشکلی نیز ایجاد نشده است».
بر اساس بند الحاقی ماده ۵۳ در لایحه برنامه پنجم توسعه، دولت مکلف است یک یا چند وزارت‌خانه را با حفظ اختیارات قانونی به نحوی در وزارتخانههای دیگر ادغام کند که تا پایان سال دوم برنامه که در واقع پایان سال ۱۳۹۱ است، تعداد آنها از ۲۱ وزارت‌خانه به ۱۷ وزارت‌خانه کاهش پیدا کند.
آقای احمدی‌نژاد در شرح وظایف وزارت‌خانه‌ها گفت: «مگر می‌شود ۸ وزارت‌خانه را برای ادغام معطل کرد، چند ماه نیز این پروسه در مجلس ادامه پیدا کند؛ این بدان معنا است که یک سال هیچ کاری از سوی این وزارت‌خانه‌ها در کشور انجام نشود.»
برخی از نمایندگان مجلس نیز کاهش تعداد وزارت‌خانه‌ها را «مغایر با قانون اساسی» می‌دانند و چندین بار درباره این موضوع تذکراتی داده‌اند.
آنها می‌گویند که وزرای قبلی باید تا زمان تصویب لایحه ادغام‌ها در وزارت‌خانه‌ها بمانند و وزرای جدید نیز برای جایگزین شدن باید از مجلس رای اعتماد بگیرند.
آقای احمدی‌نژاد در این مورد گفت: «دولت به گونه‌ای برنامه‌ریزی کرده که با ادغام وزارت‌خانه‌ها اخلالی در مسئولیت‌ها ایجاد نشود و اگر وزارت‌خانه‌ای بدون مسئول بماند، تا انتخاب وزیر، رئیس جمهوری سرپرستی آن را به عهده می‌گیرد.»
رئیس جمهوری اسلامی در ادامه یادآور شد که این تغییرات با توجه به همان ماده قانونی است که مجلس آن را تصویب کرده است و افزود: «قانونگذار این قانون را نوشته است و بهتر است امروز یک بار دیگر آن قانون را بخواند.»
علی لاریجانی، رئیس مجلس شورای اسلامی، یک روز پیش از سخنان محمود احمدی‌نژاد، با غیرقانونی دانستن ادغام وزارت‌خانه‌ها بدون تصویب مجلس، تاکید کرده بود که وزرای جدید نیز باید از مجلس رای اعتماد بگیرند.
او در عین حال گفته بود که وزرای وزارتخانههای ادغام شده به دلیل رای اعتمادی که از نمایندگان گرفته‌اند باید به کار ادامه دهند، مگر اینکه رئیس‌جمهوری آنها را عزل کند.
اختلاف مجلس و دولت درباره ادغام وزارت‌خانه‌ها از زمان ادغام وزارتخانههای مسکن با راه و همچنین بازرگانی با صنایع جدی‌تر شد. پیش از آن نیز معاون توسعه مدیریت و سرمایه انسانی رئیس‌جمهوری در جلسه هئیت دولت، از تصویب ادغام وزارتخانههای کار با رفاه و همچنین نفت با نیرو خبر داده بود.
