آیت‌الله علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی گفته است که رسانه‌ها نباید بیش از این درباره موضوع فساد بانکی اخیر جنجال و هیاهو به پا کنند. او همچنین تلویحا این اختلاس را به زمان حضور اصلاح‌طلبان در قوای مجریه و مقننه مرتبط کرده است.

او که روز دوشنبه، ۱۱ مهرماه،  با شماری از حجاج و کارگزاران حج دیدار می‌کرد، در سخنان خود به موضوع تخلف بزرگ اخیر در سیستم بانکی ایران اشاره کرد و ادامه هیاهو و جنجال را به ویژه اگر به‌زعم او عده‌ای دنبال استفاده‌های دیگر از این مسائل باشند، به صلاح ندانست.

رهبر ایران گفت که عده‌ای می‌خواهنداز این ماجرا برای زیر سوال بردن مسئولان استفاده کنند، در حالی که مسئولان دولت، مجلس و قوه قضائیه مشغول انجام وظیفه هستند.

آقای خامنه‌ای در عین حال از رسانه‌ها خواست که به مسئولان اجازه دهند تا عاقلانه و با دقت قضایا را پیگیری کنند.

آیت‌الله خامنه‌ای در عین حال توصیه‌های سال‌های پیش خود درباره مبارزه با فساد اقتصادی را یادآوری کرد و تلویحا علت وقوع چنین رویدادهایی را عمل نکردن مقامات جمهوری اسلامی به توصیه‌های خود بر شمرد.

اشاره رهبر جمهوری اسلامی به دستورالعمل ۸ ماده‌ای برای مبارزه با فساد اقتصادی است که ده سال پیش در اردیبهشت سال ۸۰، به روسای سه قوه نوشت. در آن زمان رئیس جمهوری محمد خاتمی و رئیس مجلس، مهدی کروبی، هر دو از چهره‌های اصلاح‌طلب بودند و اصلاح‌طلبان بر این دو قوه تسلط داشتند. به این ترتیب آقای خامنه‌ای تلویحا اختلاس اخیر را به آن دوره مرتبط دانسته است.

او یادآوری کرد که در سال‌های گذشته بارها بر مبارزه با فساد اقتصادی تاکید کرده است، اما به گفته او به این توصیه‌ها عمل نشده و امروز باید شاهد چنین تخلف‌هایی باشیم.

فرمانده کل قوا گفت که نباید بگذاریم فساد ریشه‌دار شود زیرا با گذشت زمان، ریشه کنی آن بسیار مشکل می‌شود،

رهبر جمهوری اسلامی در پایان سخنان خود از مسئولان قضائیه خواست تا با پیگیری دقیق و اطلاع‌سانی به مردم، دست‌های خائن را قطع کنند و به افراد «بدکاره، خرابکار و مفسد» ترحم نکنند.

به گفته او سزاوار نیست که مردم با بروز چنین رویدادهایی ناراحت شوند و عده‌ای امید خود را از دست بدهند.

طی یک‌ماه گذشته، با افشای تخلف سه‌هزار میلیاردی در سیستم بانکی ایران، بار دیگر موضوع مبارزه با مفساد اقتصادی مطرح شد.

در همین رابطه برخی، شماری از نزدیکان دولت به ویژه، اسفندیار رحیم مشایی، رئیس دفتر رئیس جمهوری و اطرافیان او را به دست داشتن در این تخلف بانکی که رسانه‌ها از آن به عنوان «بزرگ‌ترین اختلاس تاریخ ایران» یاد می‌کنند، متهم کردند.

اما محمود احمدی‌نژاد که دولت خود را «پاک‌ترین دولت» می‌داند، هشدار داد که اگر از حمله به دولت به بهانه‌های مختلف از جمله رسوایی اقتصادی اخیر دست برندارند سکوت خود را که به احترام رهبری بوده، می‌شکند.

۲۷ شهریور نمایندگان مجلس ایران جلسه‌ای غیرعلنی را با حضور وزیر اقتصاد‌، رئیس کل بانک مرکزی و رئیس کل بازرسی کشور برگزار کردند که پس از آن شماری از نمایندگان و حاضران در این جلسه، جزئیاتی از آنچه را در آن گذشت مطرح کردند.

اما ۳۰ شهریورماه، ابراهیم نکونام، رئیس کمیسیون اصل ۹۰ مجلس مبلغ اختلاس در بانک صادرات را یک هزار و ۷۳۰ میلیارد تومان اعلام کرد.

یک روز بعد نیز، صادق آملی لاریجانی، رئیس قوه قضائیه در واکنش به برخی از مسئولان دولت دهم که قوه قضائیه را به «اهمال» متهم می‌کنند، هشدار داد که کسی نمی‌تواند برای آنها خط قرمز قرار دهد.

در ارتباط با این تخلف بزرگ بانکی که به «اختلاس سه هزار میلیارد تومانی» معروف است، به جز بانک صادرات و ملی چند بانک بزرگ از جمله ملت، سپه، رفاه کارگران و سه بانک خصوصی سامان، پارسیان و پاسارگارد به شکل مستقیم و غیر مستقیم دست داشته‌اند اما درباره رقم اختلاس اخبار ضد و نقیض منتشر شده است.

در عین حال، دستور برکناری مدیران عامل بانک‌های صادرات، سامان و گردشگری صادر شده و مدیرعامل بانک ملی نیز استعفا کرده است.