شماری از فعالان حقوق بشر با انتشار بیانیه‌ای با محکوم کردن حکم اعدام یوسف ندرخانی، به جرم گرویدن به آیین مسیحیت، این تصمیم دستگاه قضائی ایران را خشونت‌آمیز، غیر انسانی، ناعادلانه و مصداق نقض حقوق بشر و کرامت انسانی دانستهاند.
امضا کنندگان این بیانیه، که خود را شماری از پیروان «آیین محمد پاک» معرفی کرده‌اند، پایداری یوسف ندرخانی را در راه عقید‌ه‌اش ستوده و خود را در رنج او و عزیزانش، و نیز تلخکامی هم کیشان‌اش شریک دانستهاند.
این فعالان حقوق بشر، در بیانیه خود رفتار «خشونت آمیز، غیرانسانی، و ناعادلانه» دستگاه قضائی جمهوری اسلامی با آقای ندرخانی را مصداق بارز نقض حقوق بشر و ناقض کرامت انسانی او به عنوان شهروند جامعه ایرانی دانستهاند.
آن‌ها در این بیانیه تاکید کرده‌اند که این‌گونه رفتارهای خشونت‌بار و تبعیض‌آمیز علاوه بر آنکه موجب رسوایی بیشتر نظام حقوقی و قضائی حاکم بر جمهوری اسلامی می‌شود، وجدان اخلاقی و انسانی جامعه ایرانی را نیز عمیقاً جریحه‌دار می‌کند.
امضا کنندگان این بیانیه آنگاه سوال کرده‌اند که آیا خروج از یک آئین الهی و ورود به یک آیین الهی دیگر پایه‌های اسلام را سست می‌کند، یا عملکرد کسانی که در ردای مسلمانی رنج انسان‌ها را به هیچ می‌انگارند و از دین «دکان تزویری» برای کسب ثروت و قدرت می‌گشایند؟
نویسندگان این بیانیه در بخش دیگری از نامه خود به اصل ۲۳ قانون اساسی جمهوری اسلامی استناد کرده و یادآوری کرده‌اند که بر اساس این اصل «تفتیش عقاید ممنوع است و هیچ‌کس را نمی‌توان به صرف داشتن عقیده ای مورد تعرض و مؤاخذه قرار داد».
همچنین این افراد با یادآوری ماده ۱۸ اعلامیه جهانی حقوق بشر که جمهوری اسلامی نیز نسبت به آن متعهد است، نوشته‌اند که «هر شخصی حق دارد از آزادی اندیشه، وجدان و دین بهره‌مند شود: این حق مستلزم آزادی تغییر دین یا اعتقاد، و همچنین آزادی اظهار دین یا اعتقاد، در قالب آموزش دینی، عبادت‌ها، و اجرای آئین‌ها و مراسم دینی به تنهایی یا به صورت جمعی، به طور خصوصی یا عمومی است».
امضا کنندگان این بیانیه در پایان نوشته‌اند که به عنوان جمعی مسلمان، بر خود فرض می‌دانند که از «بی‌مروتی» و «بی‌عدالتی» که به نام اسلام در حق اقای ندرخانی و عزیزان او روا شده تبری بجویند.
این بیانیه که رونوشتی از آن در اختیار وبسایت جرس، نزدیک به مخالفان دولت قرار گرفته به امضای علی افشاری، عبدالعلی بازرگان، رضا بورقانی، فاطمه حقیقت جو، رضا علیجانی، مصطفی رخ صفت،سهراب رزاقی، معصومه شفیعی، شیرین عبادی، حسین کمالی، اکبر گنجی، یاسر میردامادی، آرش نراقی، حسن یوسفی اشکوری رسیده است.
یوسف ندرخانی، ۳۵ ساله متهم است که در سن ۱۹ سالگی از دین اسلام خارج شده و به مسیحیت روی آورده است.
همچنین مقامات قضائی ایران او را متهم کرده‌اند که در این سال‌ها برای دین مسیحیت تبلیغ می‌کرده است.
این کشیش نوکیش مسیحی که از دو سال پیش در زندان رشت به سر می‌برد، ابتدا توسط شعبه ۱۱ دادگستری استان گیلان، به اتهام ارتداد به اعدام محکوم شد.
رای صادر شده سپس برای بررسی به دیوان عالی کشور فرستاده شد و این نهاد عالی قضائی رای به عدم اجرای حکم اعدام او را منوط به «توبه» صادر کرد.
اما پس از آن برخی خبرگزاری‌های خارجی نوشتند که این کشیش جوان درخواست دیوان عالی را برای بازپس گرفتن اعتقادات مذهبی خود رد کرده و بر این اساس ممکن است به زودی اعدام شود.
برخی خبرگزاری‌های داخلی ایران، از جمله خبرگزاری نیمه‌دولتی فارس نیز از لغو حکم دیوان عالی نوشتند و تاکید کردند که آقای ندرخانی به دلیل اتهام به انجام جرایم خشن مانند تجاوز و اخاذی‌های متعدد به این مجازات محکوم شده است و اساسا موضوع اعدام او هیچ ارتباطی با مسئله خروج وی از دین ندارد.
اخباری که نگرانی‌های جامعه جهانی را بیشتر کرد و موجب شد مقامات رسمی آلمان، بریتانیا و آمریکا از مسئولان قضائی ایران بخواهند مجازات اعدام کشیش یوسف ندرخانی را لغو کرده و هر چه زودتر او را آزاد کنند.
ویلیام هیگ، وزیر امورخارجه بریتانیا نیز با اعلام نگرانی از وضعیت آقای ندرخانی، از ایران خواست، به حق آزادی ادیان احترام گذارد.
شهریور ماه ۱۳۹۰، وزارت خارجه آمریکا گزارش سالانه خود درباره وضعیت آزادی مذهبی در جهان را منتشر کرد؛ گزارشی که در آن ایران در میان هشت کشوری قرار گرفته بود که به‌شدت آزادی‌های مذهبی را نقض کرده است.
ما نفهمیدیم مردمک از چاقو کش حمایت می کند یا از خلاف کاری که گفته کشیش است ؟ یا کشیش خلاف کار ؟