یک نماینده اصولگرا معتقد است در ایران دانشجویان و استادان «از بیان عقاید واقعی خود و تبعات آن ترس دارند». حمیدرضا کاتوزیان این سخنان را در واکنش به طرح رهبر جمهوری اسلامی برای «کرسی‌های آزاداندیشی» در دانشگاه‌ها گفته است.
آقای کاتوزیان در گفت‌وگو با خبرگزاری مجلس گفته است: فضای کرسی‌های آزاداندیشی باید ایمن و قابل اعتماد باشد تا هر گونه اظهار نظر استادان و دانشجویان با واکنش‌های بعدی رو‌به‌رو نشود.
به اعتقاد این نماینده منتقد دولت، شرایط امروز ایران اجازه نمی‌دهد طرح «کرسی‌های آزاداندیشی» موفق شود.
آقای کاتوزیان در عین حال از فضای سیاسی سال‌های نخست پس از انقلاب به عنوان فضایی «باز و دارای گستره فکری مناسب» یاد کرده است.
رهبر جمهوری اسلامی، آیت‌الله علی خامنه‌ای، در سال‌های گذشته خواستار راه‌اندازی «کرسی‌های آزاداندیشی برای تبادل آرا و گفت‌وگوی آزاد‌تر در محافل دانشگاهی» شده است.
آقای خامنه‌ای ماه گذشته در دیدار با گروهی از دانشجویان، از برگزار نشدن «کرسی‌های آزاداندیشی» انتقاد کرده و گفته بود: آن کرسى‌هاى آزاداندیشى را من صد بار - با کم و زیادش - تاکید کردم، راه بیندازید.
در واکنش به این انتقاد، شماری از تشکل‌های دانشجویی در دانشگاه‌های ایران با انتشار نامه‌های سرگشاده خطاب به رهبر جمهوری اسلامی، از او به خاطر «قصور در برگزاری کرسی‌های آزاداندیشی در دانشگاه‌ها» عذرخواهی کردند.
پس از انتخابات ریاست‌جمهوری دوره دهم، محدودیت‌ها برای فعالیت‌های دانشجویی شدت گرفته شده و شماری از فعالان دانشجویی به اتهام‌های مختلف بازداشت و با احکامی سنگین زندانی و از تحصیل محروم شده‌اند و بسیاری دیگر نیز اجازه فعالیت پیدا نکرده‌اند.
آیت‌الله خامنه‌ای نیز در شهریور ماه ۱۳۸۸، با انتقاد از شیوه آموزش علوم انسانی در دانشگاه‌ها و کافی نبودن «استادان باایمان» در این رشته‌ها، آن را موجب «تردید در مبانی دینی و اعتقادی» دانست.
پس از آن، دستور «اسلامی‌کردن دانشگاه‌ها» در راستای انتقادات رهبری، توسط محمود احمدی‌نژاد به دانشگاه‌ها ابلاغ و تغییر رشته‌ها و متون علوم انسانی توسط وزارت علوم پیگیری شد و کرسی‌های آزاداندیشی نیز راهی برای مقابله با «انحرافات» قلمداد شده است.
اما به گفته رئیس کمیسیون انرژی، در شرایط کنونی جامعه سازوکار مناسبی برای برگزاری کرسی‌ها وجود ندارد و بستر‌ها هنوز کم‌رنگ است و تا زمانی که امنیت و اطمینان‌خاطر در دانشجویان و اساتید به‌طور «عملی و ملموس» ایجاد نشود، برگزاری آن موفق نخواهند بود.
پیش از این وزیر علوم بر برقراری «کرسی آزاداندیشی» تاکید کرده و گفته بود اگر صددرصد کرسی‌های آزاد‌ندیشی درباره مارکسیست صحبت کند چه اشکالی دارد؟ کنارش هم حرف سیاسی را یک نفر می‌تواند بزند.
اما کامران دانشجو با اعلام شرطی گفته بود اگر کسی مطابق آئین‌نامه رفتار نکرد و اگر از روی عنادسخن گفت، باید با او برخورد شود؛ در کرسی‌های آزاداندیشی افراد تفکر خودشان را می‌توانند عرضه کنند، اما عناد خودشان را نباید عرضه کنند.
از طرف دیگر، «قائم‌مقام نمایندگی ولی‌فقیه در دانشگاه‌ها» معتقد است که «بیان برخی اظهار نظر‌ها، مصلحت‌ها و ملاحظات» مانع از برگزاری کرسی‌های آزاداندیشی می‌شود.
در سال‌های گذشته انتقادها از محدودیت‌ها در محیط دانشگاهی ایران وجود داشته است.
در دو سال گذشته و افزایش محدودیت‌ها در ایران، اکبر هاشمی رفسنجانی، رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام از فضای حاکم بر دانشگاه انتقاد کرده و گفته بود تحمیل عقیده در دانشگاه را «مخرب‌تر» از همه جا است و «در هیچ محیطی تحمیل کارساز نیست.»
محمد خاتمی، رئیس‌جمهوری پیشین ایران نیز با انتقاد شدید از وضعیت دانشگاه‌ها، وجود آزادی اندیشه در دانشگاه‌ها و رسانه‌ها را مهم‌ترین عامل جلوگیری از فساد خواند و تاکید کرد که زیر زمینی شدن اندیشه‌ها به براندازی می‌انجامد.
