دیده‌بان حقوق‌بشر و سازمان گزارشگران بدون‌مرز با محکوم‌کردن حمله به روزنامه ایران و توقیف روزنامه اعتماد، این اقدام‌ها را نشانه فقدان آزادی‌های اساسی در ایران و روزنامه‌نگاران را قربانیان واقعی جنگ قدرت در جمهوری اسلامی دانستند.
دیده‌بان حقوق بشر در اطلاعیه‌ای که سه‌شنبه، یکم آذر ماه منتشر کرد، آورده است که جمهوری اسلامی با حمله به دفتر روزنامه دولتی ایران و بازداشت مشاور رسانه‌ای رئیس‌جمهوری، نسبت به هرگونه دگراندیشی در این کشور واکنش شدید نشان داد.
جو استورک، معاون دیده‌بان حقوق‌بشر امور خاورمیانه با اشاره به اینکه این تهاجم و توقیف نشان‌دهنده تحمل‌ناپذیری غیرعاقلانه مقام‌های جمهوری اسلامی در قبال آزادی رسانه‌ای است، خواستار آزادی فوری بازداشت‌شدگان و لغو ممنوعیت انتشار روزنامه اعتماد شد.
در بیانیه این سازمان مدافع حقوق بشر به حمله نیروهای امنیتی به موسسه ایران و بازداشت ۴۰ روزنامه‌نگار اشاره شده و نوشته است که ۳۰ نفر آنها همان شب آزاد شدند.
ماموران امنیتی روز دوشنبه ۳۰ آبان «با سلاح‌های سرد و گرم» به تحریریه روزنامه ایران حمله کردند و علاوه بر بازداشت علی اکبر جوانفکر، مدیر مسئول آن، حدود ۳۷ نفر از کارکنان را با ضرب و شتم بازداشت کردند.
از طرف دیگر، قوه قضائیه روزنامه اصلاح‌طلب اعتماد را روز شنبه ۲۸ آبان به دلیل «نشر کاذیب» توقیف و اعلام کرد که این روزنامه به دستور دادستان تا اطلاع ثانوی اجازه انتشار ندارد.
دیده‌بان حقوق بشر همچنین به توقیف روزنامه اعتماد اشاره کرده و در بیانیه خود نوشته است: روزنامه اصلاح‌طلب اعتماد هم به دستور قوه قضائیه به مدت دو ماه تعطیل شده، تنها به این دلیل که مصاحبه‌ای شامل انتقاداتی از قوه قضائیه و مخالفان احمدی‌نژاد را منتشر کرده بود.
در ادامه این بیانیه به سخنان الیاس حضرتی، مدیرمسئول روزنامه اعتماد مبنی بر اینکه روزنامه به خاطر انتشار مطلبی در مورد میرحسین موسوی و مهدی کروبی و انتشار مصاحبه علی‌اکبر جوانفکر توقیف شده، اشاره شده است.
سازمان گزارشگران بدون مرز نیز روز گذشته با انتشار اطلاعیه‌ای، حمله به دفتر روزنامه ایران و ضرب و شتم و بازداشت روزنامه‌نگاران این موسسه و توقیف روزنامه اعتماد را محکوم کرده است.
در بیانیه گزارشگران بدون مرز همچنین با اشاره به توقیف روزنامه اعتماد آمده است: تنها جرم روزنامه اعتماد این است که اظهارات انتقادی علی‌اکبر جوانفکر را درباره منتقدان اصولگرای دولت دهم، مسئولان قوه قضائیه و مجلس ایران منتشر کرده بود.
پس از حمله به روزنامه ایران، عباس جعفری دولت‌آبادی، دادستان تهران گفت آقای جوانفکر با تماس‌های تلفنی و حضور در جمع کارکنان موسسه ایران، موجب اخلال و بی‌نظمی در روند کاری روزنامه و تحریک کارکنان شده بود.
در بیانیه سازمان گزارشگران بدون مرز آمده است که در این حمله، مشاور مطبوعاتی محمود احمدی‌نژاد با آن‌که بازداشت و دستبند به دستانش زده شده بود، اما با دخالت مستقیم احمدی‌نژاد آزاد شد.
امروز فرمانده نیروی انتظامی درباره آنچه در روزنامه ایران رخ داده، گفت: اساسا در برابر قانون مقاومت و درگیری جالب نیست و همه نیروهای درگیر در این موضوع می‌توانستند بهتر عمل کنند.
به گفته اسماعیل احمدی‌مقدم ،مقاومت عده‌ای از خبرنگاران و مسئولان روزنامه ایران با وجود مقام قضایی، باعث ایجاد تنش و دستگیری تعدادی از خبرنگاران شد اما تا «عصر همان روز دستور دادم دستگیر شدگان با اخذ تعهد آزاد شوند.»
مشاور مطبوعاتی محمود احمدی‌نژاد و سرپرست موسسه مطبوعاتی ایران همچنین روز یکشنبه ۲۹ آبان به یک سال حبس و سه سال محرومیت از هرگونه فعالیت مطبوعاتی به دلیل انتشار «خاتون»، ضمیمه‌ای درباره حجاب زنان در این روزنامه محکوم شد.
از طرف دیگر، الیاس حضرتی، مدیرمسئول روزنامه توقیف شده اعتماد گفته است که انتشار مصاحبه این روزنامه با آقای جوانفکر تنها یکی از دلایل توقیف اعتماد بوده است.
به گفته این نماینده مجلس ششم، دلیل دیگر توقیف اعتماد انتشار نقل قولی از جواد لاریجانی در ارتباط وضعیت موسوی و کروبی، رهبران مخالفان حکومت است که گفته بود آنها «به دستور قوه قضائیه در حصر خانگی» قرار گرفته‌اند.
بر اساس بخش‌نامه وزارت ارشاد و مصوبه شورای عالی امنیت ملی که پس از انتخابات جنجالی خرداد ۸۸ صادر شد، تمام روزنامه‌ها از درج نام و تصویر میرحسین موسوی، مهدی کروبی و محمد خاتمی منع شدند.
این دومین بار در دو سال گذشته است که روزنامه اعتماد توقیف می‌شود. موضوعی که در هر دو بیانیه این دو سازمان بین‌المللی مدافع حقوق بشر به آن اشاره شده است.
