دولت جمهوری آذربایجان به مسئول فرهنگی بیت آیت‌الله خامنه‌ای اجازه ورود به این کشور را نداد.
سفارت جمهوری اسلامی ایران در آذربایجان روز سه‌شنبه، نهم خردادماه اعلام کرد: ما با تاسف بسیار اعلام می‌کنیم که روز دوشنبه از ورود مسئول فرهنگی بیت رهبر جمهوری اسلامی به آذربایجان جلوگیری شد.
طبق اعلام سفارت ایران، ممانعت از ورود این مقام مسئول، به شیوه‌ای «غیردیپلماتیک» انجام شده و محمدهادی فرید هنگامی که قصد ورود به باکو را داشت، از فرودگاه این شهر بازگردانده شده است. به گزارش العربیه، مقامات آذربایجان از اظهارنظر در این مورد خودداری کرده‌اند.
تنش بین دو کشور ایران و جمهوری آذربایجان که هر دو اکثریتی شیعه دارند، در چند ماه اخیر به بالاترین خود رسیده است.
امسال آذربایجان میزبان یوروویژن بود. یوروویژن مسابقه سالانه موسیقی پاپ سراسر اروپاست. برگزاری این مراسم در باکو، از سوی بعضی روحانیون و مقامات ایران محکوم شد. آن‌ها به آنچه «رژه همجنس‌گرایان» نامیدند، اعتراض کردند، در حالی که چنین اتفاقی نه افتاده و نه قرار بود رخ دهد.
با برگزاری چند تجمع اعتراضی علیه ایران، عصبانیت حکومت ایران تشدید شد. معترضان تصاویری از آیت‌الله خامنه‌ای و محمود احمدی‌نژاد و پلاکاردهایی را حمل می‌کردند که روی‌شان نوشته بود: «آذربایجان نیازی به روحانیون همجنس‌خواه ندارد!»
دو کشور همسایه ایران و آذربایجان اشتراکات مذهبی و نژادی محکمی دارند. ۱۵ درصد از ایرانان، آذری هستند و ارتباطات زبانی و خانوادگی نزدیکی دارند و جمعیت دو کشور بر هم تاثیرگذار هستند.
اما با همه این اشتراکات، ایران و آذربایجان نظام‌های سیاسی متفاوتی دارند که باعث درگیری‌های زیادی بین دو کشور شده است. در چند ماه اخیر، مقامات دو کشور پیوسته یکدیگر را متهم کرده‌اند.
ایران آذربایجان را متهم به همکاری با اسراییل برای ترور دانشمندان هسته‌ای خود کرده است.
۲۳ بهمن ماه وزارت امور خارجه ایران با احضار سفیر جمهوری آذربایجان به آنچه فعالیت‌های «سازمان جاسوسی» موساد علیه جمهوری اسلامی ایران در خاک آن کشور و «ترور دانشمندان هسته‌ای» خواند اعتراض کرد.
به زعم ایران شماری از عاملان این ترورها از طریق جمهوری آذربایجان در تل‌آویو حضور پیدا کرده‌اند.
ایران همچنین از سفیر جمهوری آذربایجان درخواست کرد که از ادامه فعالیت سازمان موساد علیه جمهوری اسلامی در آن کشور جلوگیری شود.
در مقابل اوایل اسفندماه آذربایجان اعلام کرد شماری از افراد این گروه تروریستی را بازداشت کرده که مظنون به جمع‌آوری اطلاعات برای حملات تروریستی علیه شهروندان خارجی در خاک این کشور بوده و با ایران در ارتباط بوده‌اند.
یک ماه قبل از این اتفاق نیز دولت آذربایجان از بازداشت دو بومی به اتهام توطئه برای قتل دو معلم در یک مدرسه یهودی در باکو به دستور دولت ایران خبر داده بود.
ایران در واکنش به این اتهام گفت که دولت آذربایجان چشمان خود را به روی عملیات ضدایرانی اسرائیل در خاک این کشور بسته است.
اوایل اسفندماه سال گذشته مقامات دفاعی اسرائیل اعلام کردند که صنایع هوا-فضای اسرائیل برای فروش ۶.۱ میلیارد دلار تجهیزات نظامی از جمله هواپیماهای بدون سرنشین و موشک‌های ضد هواپیما، قراردادی با آذربایجان امضا کرده است.
چند روز بعد ایران سفیر جمهوری آذربایجان در این کشور را احضار کرد تا درباره انتشار اخباری مبنی بر خرید تجهیزات نظامی از اسرائیل توضیحاتی دهد.
سفیر دولت جمهوری آذربایجان پس از استعلام از دولت خود، در این دیدار توضیح داد که تجهیزات خریداری شده از اسرائیل «تنها با هدف آزادسازی سرزمین‌های اشغالی آذربایجان بوده» و آذربایجان به هیچ وجه اجازه استفاده از این سلاح‌ها علیه کشور ثالث، به ویژه ایران را نخواهد داد.
فروردین ماه امسال علی حسن‌اف، رئیس دیپلماسی نهاد ریاست جمهوری آذربایجان، تحویل یک پایگاه مرزی این کشور به اسرائیل را تکذیب کرد و گفت: ما بارها اعلام کرده‌ایم که آذربایجان اجازه نخواهد داد از خاک این کشور علیه حمله به ایران، ترکیه، روسیه یا گرجستان استفاده شود.
در آخرین روزهای سال ۹۰ نیز وزارت امنیت ملی جمهوری آذربایجان اعلام کرد که ۲۲ شهروند این کشور را به ظن جاسوسی برای سپاه پاسداران ایران و قصد حمله به اهداف غربی، بازداشت کرده است.
چند روز بعد نیز آذربایجان از بازداشت اعضای یک گروه از جمله دو شهروند ایرانی به اتهام «قاچاق موادمخدر، مهمات، سلاح و تجیزات نظامی» خبر داد. دولت جمهوری آذربایجان ۳۱ فروردین ماه مدعی شد که این افراد با القاعده ارتباط داشته و برخی از آن‌ها در ایران آموزش دیده بودند.
