در جلسه شورای اسلامی شدن دانشگاه‌ها و مراکز آموزشی پنج اصل نقشه دانشگاه اسلامی با تأکید بر «اخلاق اسلامی و تعهد به آرمان‌های انقلاب اسلامی» تصویب شد.

اعضای شورای اسلامی شدن دانشگاه‌ها و مراکز آموزشی روز سه‌شنبه ۱۶ خرداد پنج اصل نقشه دانشگاه اسلامی شامل «حاکميت اصول اعتقادی، احکام و اخلاق اسلامی در تمامی ابعاد دانشگاه، خردورزی و عقلانيت، تقدم تزکيه بر تعليم، تعهد به آرمان‌های انقلاب اسلامی و قدسی بودن علم و محيط‌های علمی» را تصويب کردند.

این اصول بر اساس آموزه‌های دینی قرآن کریم و سنت معصومین، قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران، رهنمودهای آیت‌الله خمینی، بنیانگزار جمهوری اسلامی، سند چشم‌انداز ۲۰ ساله و اسناد ملی مرتبط با دانشگاه تنظیم شده است.

آیت‌الله خمینی دانشگاه را به «خوب» و «بد و غیراسلامی» و فارغ‌التحصیلان دانشگاه را «مخرب کشور یا سازنده کشور» تفکیک کرده و گفته بود: هرچه از خوبی‌ها و بدی‌ها برای یك ملتی تحقق پیدا می‏كند، وابستگی یا استقلال، در قید و بند بودن و اختناق یا آزادی، تابع تربیت‌های دانشگاهی است.

در وبسایت شورای اسلامی شدن دانشگاه‌ها و مراکز آموزشی دانشگاه اسلامی، دانشگاهی تعریف شده که در آن «بینش توحیدی در تمامی شئون دانشگاه و اندیشه دانشگاهیان حاکمیت دارد و علم‌آموزی برای تقویت این نگرش» منظور شده است.

براساس سیاست‌های راهبردی این شورا برای استاد، دانشجو و متون و برنامه‌ریزی آموزشی نیز مفاهیم خاص تعریف شده‌اند.

طبق این سیاست‌ها «علم، ايمان،‌ تقوا،‌ تعهد و آگاهی، پايبندی به مبانی و آرمان‌های نظام جمهوری اسلامی ايران» ملاک جذب و گزینش «استاد شایسته» خواهد بود.

استادان معارف اسلامی ملزم هستند استادان و مدرسانی را جذب و گزینش کنند که «شايستگی‌های عالی علمی، معنوی و اخلاقی» مطابق با تعاریف این شورا را داشته باشند.

«ارتقای سطح بينش اسلامی و اعتقادی دانش‌آموزان برای ورود به آموزش عالی، گسترش و تقويت ايمان و اعتقاد اسلامی و تقویت روحیه ایثارگری» ازجمله راهکارهای تعیین شده برای جذب دانشجو تعریف شده است.

طبق این راهکارها متون و برنامه‌های درسی تمام شاخه‌های علوم براساس «جهان‌بینی الهی و شناساندن آیات قرآن در جهان» تدوین می‌شود و در تمام متون درسی «دین و علم باید هم‌سو» باشند.

درپی انتقادهای آیت‌الله خامنه‌ای از تدریس علوم انسانی در دانشگاه‌های ایران وزارت علوم تصمیم به بازنگری در متون رشته‌های علوم انسانی و اسلامی کردن دانشگاه‌ها گرفت.

آیت‌الله خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی، در شهریورماه سال 88، از تحصیل «حدود دو میلیون دانشجو از سه میلیون و نیم دانشجوی کشور در رشته‌های علوم انسانی» ابراز نگرانی کرده و آموزش این علوم را موجب «تردید در مبانی دینی و اعتقادی» دانسته بود.

این انتقاد درپی حوادث پس از انتخابات ریاست جمهوری دوره دهم ایران مطرح شد؛ طبق گزارش‌ها در این حوادث شمار زیادی از دانشجویان معترض به نتیجه اعلام شده انتخابات بازداشت و زندانی یا محروم از تحصیل شدند.

آیت‌الله خامنه‌ای باردیگر در شهریور سال ۹۰  نسبت به تلاش اساتید سکولار که وی آنها را «موریانه‌های مخرب و ویران‌گر» ناميد، برای ناامیدی دانشجویان و دانشگاهیان هشدار داد.

به دنبال انتقادهای مکرر آقای خامنه ای، «اسلامی‌کردن دانشگاه‌ها» در دستور کار وزارت علوم و شورای عالی انقلاب فرهنگی قرار گرفت. محمود احمدی‌نژاد، رئیس‌جمهور ایران، نیز مصوبه شورا در این زمینه را به دانشگاه‌های سراسری و آزاد ابلاغ کرد تا اجرا شود.

درپی این اقدام‌های دولت برای اسلامی کردن دانشگاه‌ها کامران دانشجو، وزیر علوم دولت دهم، نیز مبنای استخدام استادان را «اعتقاد به ولایت فقیه» و مبنای اخراج آن‌ها، «ناهمسویی با نظام» عنوان کرد.

آقای دانشجو، اصلی‌ترین مباحث اسلامی کردن دانشگاه‌ها را تغییرات در سرفصل‌ها و متون دروس و اسلامی کردن آن‌ها دانست و تاکید کرد که بدون این تغییر، امکان ندارد دانشگاه‌ها اسلامی شوند.