علی یونسی، وزیر پیشین اطلاعات ایران با انتقاد از رویه حاکم بر دستگاه قضایی ایران می‌گوید در حال حاضر بعضی از قضات با گرفتن دستور از بالا حکم صادر می‌کنند و مرعوب قوه قضائیه هستند.
علی یونسی، وزیر اطلاعات دوران اصلاحات روز جمعه، ۱۵ دی ماه در گفت‌و‌گو با پایگاه اطلاع رسانی جماران نزدیک به بیت آیت‌الله خمینی بنیانگذار جمهوری اسلامی تاکید کرده در حال حاضر بعضی از قضات می‌گویند «فلان پرونده را به من ندهید و اگر بدهید من مطابق دستور عمل می‌کنم.»
به گفته او، در حال حاضر شرایط در قوه قضائیه به سمتی رفته که چون در تهران قاضی حاضر به دستور گرفتن از این نهاد نشده آنها از یزد (آن هم از شهرستان‌های یزد) یا از اردبیل قاضی آوردند یا یک قاضی آوردند که مسئله‌دار است و مجبور است مطابق میل رفتار بکند.
علی یونسی با ذکر این نکته که خود در دوران مسئولیتش مدتی در سیستم قضایی حضور داشته، تاکید کرد که در آن زمان از استقلال قاضی دفاع می‌کرده و به خودش اجازه نمی‌داده که به قاضی امر و نهی کند.
آقای یونسی «عدم استقلال قضات» را بزرگ‌ترین خطری ارزیابی کرده که سیستم قضایی ایران را تهدید می‌کند و یادآور شده طبق قانونی که در همه جای دنیا هم حاکم است دادستان و رئیس قوه قضائیه حق ندارند به قاضی درباره صدور حکم دستور بدهند.
به گفته این مقام، آیت‌الله خمینی، بنیانگذار جمهوری اسلامی هم همیشه بر استقلال قاضی تاکید داشت که در فرمان هشت ماده‌ای خود هم بر این موضوع تاکید کرد و یک بار هم که فردی از او شکایت کرده بود بدون چون و چرا گفته بود که در دادگاه حاضر می‌شود.
اشاره علی یونسی به فرمان هشت ماده‌ای روح‌الله خمینی در آذر ۱۳۶۱ و پس از گذشت چهار سال از پیروزی انقلاب اسلامی است. او این فرمان را خطاب به قوه قضائیه و تمام ارگان‌های اجرایی در مورد اسلامی شدن قوانین و عملكردها، خطاب به رئیس وقت دیوان عالى کشور عبدالکریم موسوى اردبیلى و میرحسین موسوی، نخست وزیر ایران صادر کرد.
درخواست برای تصویب قوانین و صدور احکام قضایی بر اساس آن، ممنوع شدن بازداشت افراد بدون حکم قاضی، جلوگیری از توقیف، دخل و تصرف در اموال مردم، ممنوع شدن ورود به خانه و یا محل كار شخصی افراد بدون اذن صاحب آنها به نام كشف جرم از جمله این موارد بود.
حالا علی یونسی که پیش از سمت وزیر اطلاعات دولت خاتمی، رئیس سازمان قضایی نیروهای مسلح بود، می‌گوید که عده‌ای در حال حاضر تمایلی به نشان دادن تمام ابعاد شخصیتی بنیانگذار جمهوری اسلامی ندارند و از بعضی جملات او مانند «میزان حال فعلی اشخاص است» سوء استفاده می‌کنند.
او توضیح داد با تفسیر نامناسب از این جمله افرادی که به گفته آقای یونسی از چهره‌های شاخص انقلاب هستند طرد شده‌اند.
انتقاد از احمد جنتی، دبیر شورای نگهبان
علی یونسی در این گفت و گو از چالش خود با احمد جنتی، دبیر شورای نگهبان در زمان حضورش در وزارت اطلاعات خبر داد و گفت: از جمله آیت‌الله خمینی برای رد بسیاری از کاندیداهای مجلس هم استفاده شده که من در همین خصوص با احمد جنتی درگیر بودم.
به گفته او، دبیر شورای نگهبان برای رد صلاحیت کاندیداها غالبا به گزارش‌هایی استناد می‌کرد که به اثبات نرسیده بودند و صرفا در حد خبر بودند.
او همچنین از انتقاد حمید رسایی روحانی نزدیک به محمود احمدی‌نژاد در صحن مجلس از اکبر هاشمی رفسنجانی رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام انتقاد کرد و آن را فاجعه اخلاقی دانست.
علی یونسی تاکید کرد اختاپوس و ام الفساد خواندن هاشمی نشان می‌دهد که بی‌اخلاقی آن‌قدر نهادینه شده است که یک فرد در لباس روحانیت و در مجلس و در تریبون علنی به خود اجازه می‌دهد که همچنین اشاعه فحشایی را مرتکب شود.
وزیر سابق اطلاعات از رویه محمود احمدی‌نژاد در جریان تبلیغات انتخابات سال ۸۸ هم انتقاد کرد و گفت: در آن سال دیدیم که کاندیدای ریاست جمهوری به جای نقد برنامه‌ها و روش‌های رقیب، مسائل شخصی‌اش را افشا می‌کند و پرونده‌ای را در دستش گرفته و می‌گفت: «بگم بگم»
آیت‌الله علی خامنه‌ای از سه سال پیش صادق آملی لاریجانی، رئیس قوه قضائیه را به جای محمود هاشمی شاهرودی به سمت ریاست قوه قضائیه منصوب کرد.
در سه سال گذشته بسیاری از فعالین سیاسی، دانشجویی و روزنامه‌نگاران که به دلیل اعتراض به نتیجه انتخابات ریاست جمهوری بازداشت شده‌اند بارها نسبت به «وضعیت نامناسب و صدور احکام غیر قانونی» در قوه قضائیه انتقاد کرده‌اند.
