یک روز پس از اینکه دادستان تهران اعلام کرد محمد شریف ملک‌زاده توسط رهبر ایران عفو شده، معاون سیاسی دفتر رئیس جمهوری با تکذیب این خبر گفت که او قبل از دادگاه بی‌گناه تشخیص داده شده بود و کاربرد عفو برای او معنا پیدا نمی‌کند.
عباس جعفری دولت‌آبادی روز یکشنبه، ۱۷ اردیبهشت در جمع خبرنگاران گفته بود که پرونده آقای ملک‌زاده در آستانه ارسال به دادگاه بود که گزارش‌هایی درباره او به رهبر ایران ارائه شد و مورد رافت اسلامی قرار گرفت و عفو شد.
اما امروز ۱۸ اردیبهشت، معاون سیاسی دفتر رئیس جمهوری طی یادداشتی این خبر را تکذیب کرده و نوشته است او در مرحله قبل از دادگاه بی‌گناه تشخیص داده شد و منع تعقیب‌اش صادر شده و کاربرد عفو برای او معنا پیدا نمی‌کند.
در این یادداشت که در روزنامه ایران به چاپ رسیده، آمده که «او از جمله افرادی بود که در مسیر اجرای پروژه برخورد با احمدی‌نژاد مورد برخورد قرار گرفت، اما به رغم همه این تلاش‌ها، افراد متقی و مستقل رسیدگی‌کننده او را بی‌گناه تشخیص دادند.»
محمد جعفر بهداد نوشته است که این خبر «ادعای برخی محافل رسانه‌ای» بوده و فقط نشانه «بی‌اطلاعی نسبت به مسائل حقوقی است» زیرا عفو صرفا پس از محکومیت معنا پیدا می‌کند اما کیفرخواستی علیه او صادر نشده و حکم محکومیتی نگرفته است.
او همچنین افزوده است که در مسیر «اجرای پروژه برخورد با احمدی‌نژاد»، به بهانه‌های کاملا مضحک با آقای ملک‌زاده برخوردهای غیرمتعارف شده و «عناصر رسانه‌ای یک شبکه محفلی او را متهم و مجرم نشان دادند.»
آقای بهداد پیش‌بینی کرده است که در آینده نه چندان دور، ابعاد جدیدی از این اقدامات ظالمانه و انتقام‌جویانه علیه رئیس جمهوری و برخی همکارانش آشکار شود، افراد و مجموعه‌ها تقصیر‌ها را به گردن دیگری خواهند انداخت تا خود را پاک و بی‌گناه جلوه دهند.
انتشار خبر عفو و تکذیب آن در حالی منتشر شده که دفتر محمود هاشمی شاهرودی، رئیس پیشین قوه قضائیه او را به عنوان مشاور اجرایی رئیس بنیاد فقه و معارف اهل بیت منصوب کرده است.
پیش از آن نیز در ششم اردیبهشت محمود احمدی‌نژاد طی حکمی محمدشریف ملک‌زاده را به‌عنوان مشاور خود منصوب کرده بود.
محمد شریف ملک‌زاده، دبیر پیشین شورای عالی امور ایرانیان خارج از کشور و از نزدیکان اسفندیار رحیم مشایی تیر سال گذشته از سوی علی اکبر صالحی به سمت معاونت اداری مالی وزارت امورخارجه منصوب شد.
پس از انتصاب او جمعی از نمایندگان مجلس ایران از انتصاب این چهره نزدیک به «جریان انحرافی» به شدت انتقاد کردند و در اعتراض به آن، طرحی برای استیضاح علی اکبر صالحی آماده کردند.
پس از آنکه وزارت اطلاعات نیز مخالفت خود را با انتصاب او اعلام کرد، آقای ملک‌زاده تنها چند روز پس از انتصاب، ۳۱ خرداد ماه از سمت خود کناره‌گیری کرد و طرح استیضاح وزیر خارجه نیزمنتفی شد.
پس از چندی آقای ملک‌زاده به دلیل «پرونده‌های فراوان از تخلفات اداری و مالی» بازداشت شد و ماه گذشته دادستان کل ایران اعلام کرد پرونده با اختلاف بازپرس و دادستان روبه‌رو شده و دادگاه قرار را به نفع دادستان صادر کرده است.
