علی مطهری در نامه‌ای به رهبر جمهوری اسلامی با اعتراض به رد صلاحیت اکبر هاشمی رفسنجانی گفته است اگر آیت‌الله خمینی نیز با نام مستعار کاندیدا می‌شد صلاحیت او را تایید نمی‌کردند.

این چهره شاخص اصولگرا در نامه‌ای به آیت‌الله خامنه‌ای که روز چهارشنبه اول خردادماه در برخی رسانه‌های ایران منتشر شده، به رد صلاحیت آقای هاشمی از سوی شورای نگهبان اعتراض کرده و نوشته است «این رد صلاحیت که با دو دلیل ناموجه  ناتوانی جسمی و نقش داشتن در "فتنه" سال ۸۸ انجام شده است آسیب جدی به انتخابات آینده وارد خواهد کرد».

این نماینده منتقد دولت که به تازگی ستاد اصولگرایان حامی اکبر هاشمی را راه انداخته بود همچنین تاکید کرده است: حدس قوی دارم که اگر امام خمینی هم، به فرض حیات‌، با نام مستعار در انتخابات شرکت  می‌کرد صلاحیت شان رد می‌شد چون ایشان هم گاهی انتقاداتی داشت.

آقای مطهری با اشاره به اینکه با ورود آقای هاشمی به صحنه انتخابات «شور و شوقی در میان مردم ‌و امیدی در دل آنان  به اصلاح امور و پیشرفت سریعتر کشور پیدا شد» نوشته است که با رد صلاحیت وی طبعا آن شور و شوق و آن امید از بین رفت.

علی مطهری در پایان از رهبر جمهوری اسلامی خواسته که با حکم حکومتی اکبر هاشمی را تایید صلاحیت کرده و او را به انتخابات برگرداند. در عین حال او رد صلاحیت اسفندیار رحیم‌مشایی، کاندیدای مورد حمایت محمود احمدی‌نژاد را «کار درستی» دانسته است.

این نماینده اصولگرا همچنین در گفت‌و‌گو با خبرگزاری مهر در واکنش به رد صلاحیت رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام پیشنهاد کرده است که برای ارزیابی توان جسمی آقای هاشمی، یک مسابقه دو صدمتر بین او و آقای جلیلی و یک مسابقه کشتی بین آقای هاشمی و آقای حداد برگزار کنند.

دلیل رد صلاحیت نامزدها رسما اعلام نشده اما سخنگوی شورای نگهبان یکشنبه شب گفته بود اگر فردی که قصد به دست گرفتن یک پست کلان اداری و اجرایی را دارد فقط قادر به انجام چند ساعت کار در روز باشد، طبیعی است که نمی‌تواند تایید شود.

آقای مطهری درباره اتهام نقش داشتن اکبر هاشمی در «فتنه ۸۸» نیز گفه استت: در مورد «فتنه» ۸۸ در آن مناظره کذایی به آقای هاشمی و خانواده‌اش تهمت‌هایی زدند و وقتی او درخواست وقت از صدا و سیما برای دفاع کرد به او وقت ندادند و طبعاً ایشان اعتراض داشت. آیا این می‌تواند مجوز رد صلاحیت باشد با وجود آن همه سابقه و تجربه؟

«فتنه» واژه‌ای است که حکومت ایران برای اعتراض‌‌ها به نتایج انتخابات ریاست جمهوری سال ۸۸ به کار می‌کرد. این اعتراض‌ها به بزرگترین ناآرامی حکومت جمهوری اسلامی تبدیل شد و براساس گزارش‌ها ده‌ها کشته برجای گذاشت.

هشتم اردیبهشت ماه رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام گفته بود در سال ۸۷ در دیداری دو و نیم ساعته خود با اعضای کمیسیون تحقیق مجلس خبرگان، درباره وضعیت امروز کشور هشدار داده بود.

آقای هاشمی گفت که «این نوار موجود است و در‌‌ همان زمان و برخی بعد‌ها با تائید صحت پیش‌بینی‌های من اظهار داشتند که اگر می‌دانستیم به اینجا می‌رسیم برخی حمایت‌ها و تقدیس‌ها را انجام نمی‌دادیم.»

چهار روز بعد وزیر اطلاعات ایران گفت کسی که خود را پیشگوی این رویداد‌ها می‌داند، در «فتنه سال ۸۸» دست داشته است.

وزارت کشور ایران شامگاهسه‌شنبه، ۳۱ اردیبهشت اسامی نامزدهای تایید صلاحیت شده را اعلام کرد اما نام اکبر هاشمی رفسنجانی و اسفندیار رحیم مشایی در میان آنها نبود.

براین اساس، شورای نگهبان صلاحیت علی‌اکبر ولایتی،‌ سعید جلیلی، غلامعلی حداد عادل، محسن رضایی، حسن روحانی، محمدرضا عارف، محمد غرضی و محمد باقر قالیباف را تایید کرد‌.

اکبر هاشمی رفسنجانی، رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام که در آخرین دقایق نام‌نویسی در وزارت کشور حاضر شد، حمایت اصلاح‌طلبان را با خود داشت و تشکل‌هایی همچون مجمع روحانیون مبارز، جبهه مشارکت و سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی از او حمایت کرده‌ بودند.

رد صلاحیت اکبر هاشمی رفسنجانی اعتراض زهرا مصطفوی، دختر آیت‌الله خمینی را نیز برانگیخت و او امروز در نامه‌ای به آیت‌الله خامنه‌ای، رهبر ایران به او یادآور شد که پدرش می‌گفت هاشمی برای رهبری صلاحیت دارد و از آیت‌الله خامنه‌ای خواست که در تصمیم شورای نگهبان تجدید نظر کند.