اکبر هاشمی رفسنجانی، رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام، از بسته شدن فضای نقد در کشور و ایجاد محدودیت برای فعالیت سازمان‌های غیردولتی انتقاد کرده است.
آقای رفسنجانی روز چهارشنبه ۲۰ اردیبهشت در دیدار با جوانان سازمان‌های مردم‌نهاد و شماری از دبیران سازمان‌های غیردولتی گفت که برای این که مسئولین هشیار شوند لازم است با انتقادهای صریح و در چارچوب جوانان روبه‌رو شوند.
این منتقد دولت دهم هشدار داد که «اگر به مردم و جوانان میدان و فضا برای انتقاد سالم و فعالیت داده نشود، این انتقادات خاموش نخواهد شد و چه بسا به محفل‌های خانگی و زیرزمینی کشیده شود».
آقای رفسنجانی در بخش دیگری از سخنان خود سازمان‌های غیردولتی را «گروهای مفید مردمی» نام برد و هدف اصلی از تشکیل سازمان‌های غیردولتی و مردم‌نهاد را «کمک به مردم ، نظام و دولت برای رفع مشکلات در سطوح گوناگون» دانست.
دبیر مجمع تشخیص مصلحت نظام بدون نام بردن از یک مؤسسه خاص غیردولتی از محدودیت و عدم تمدید پروانه فعالیت تعداد زیادی از سازمان‌های مردم‌نهاد انتقاد کرد و گفت: اگر مردم وارد عرصه‌های گوناگون مشارکت نشوند، تولید و اشتغال رو به اضمحلال می‌رود.
«مرکز دفاع از حقوق بشر» که شیرین عبادی آن را دایر کرده بود و «مؤسسه راهی» که شادی صدر بنیانگزار آن بود، ازجمله موسسه‌های غیردولتی بودند که در دولت نهم آقای احمدی‌نژاد تعطیل شدند.
سازمان‌های غیردولتی در دولت محمد خاتمی، رئیس‌جمهور پیشین، در عرصه‌های مختلف توسعه یافتند اما در سال‌های دوره ریاست جمهوری محمود احمدی‌نژاد روند رشد آنها کند و یا متوقف شد.
براساس گزارشی که خرداد سال ۸۸ منتشر شد بین سال‌های ۷۶ تا ۸۴ حدود هفت‌هزار سازمان غیردولتی در حوزه‌های زنان، سرطان کودکان، حقوق تغییر جنسیت و امور زیست‌محیطی در ایران فعالیت داشتند که با روی کار آمدن دولت نهم، این سازمان‌های غیردولتی ملزم شدند که تنها با گروه‌های توصیه شده از طرف دولت همکاری کنند.
زهره الهیان، رئیس فراکسیون سازمان‌های مردم‌نهاد مجلس، تعداد سازمان‌های غیردولتی در ایران را نزدیک به ۴۰ هزار اعلام کرده است.
طبق مصوبه مجلس، سازمان‌های غیردولتی ازجمله انجمن حمایت از حقوق کودکان، حق دریافت کمک مالی، حتی از سازمان ملل را ندارند و با گروه‌های داوطلب مردم‌نهاد دیگر کشورها حق انجام پروژه‌های مشترک را ندارند.
درپی انتخابات جنجال‌برانگیز ریاست جمهوری خرداد ۸۸ علیرضا افشار، معاون وقت اجتماعی و فرهنگی وزارت کشور، به سازمان‌های غیردولتی هشدار داد که نباید فعالیت سیاسی کنند.
پیش از آن نیز محمدرضا علیپور، جانشین وقت فرمانده نیروی انتظامی تهران، گفته بود که پلیس قصد دارد سازمان های غیردولتی را «به صورت متمرکز» ساماندهی کند.
دولت دهم معتقد است که سازمان‌های غیردولتی مراکز جاسوسی هستند و علی فولادی، رئیس وقت نظارت بر سازمان‌های غیردولتی در وزارت کشور، گفته بود که «دشمنان ما به‌طور رسمی اعلام کرده‌اند که قصد نفوذ در جامعه مدنی ما را دارند.»
این در شرایطی است که آقای رفسنجانی در دفاع از عمل‌کرد سازمان‌های غیردولتی و مردمی نگرانی از حضور فعال این سازمان‌ها را در جامعه «بی‌مورد» دانسته و گفته است که ««نگرانی را زمانی باید به خود راه بدهیم که مردم از صحنه مشارکت فعال اجتماعی حذف شده باشند.»
