آیت‌الله یوسف صانعی، مرجع تقلید شیعه و منتقد حکومت، نادیده گرفتن حقوق انسانی زندانیان را «خلاف شرع و حرام» دانسته و هشدار داده است که «خدا نکند که مرتکب قتل فکر مردم که بدتر از قتل جان آنهاست، شویم».
براساس گزارش وب‌سایت آیت‌الله صانعی، این مرجع تقلید شیعه با تاکید بر رعایت همه موازین شرعی و قانونی محکوم به زندان، گفته است: اگر چه زندان کردن او جایز باشد اما اگر مانع سایر حقوق انسانی او بشویم ضامن هستیم.اگر مانع رشد استعدادهای او بشویم، این جا ضامن هستیم.
او در توضیح حقوق زندانی تاکید کرده است که اگر فرد زندانی صنعتگر است باید ابزار صنعت در اختیارش قرار داد اگر اهل فکر و اندیشه است باید ابزار فکر و اندیشیدن در اختیارش قرار داد.
این مرجع تقلید گفته است: این‌گونه نیست که بگوییم حالا که این فرد زندانی است پس حق مطالعه ندارد، حق کار و فعالیت ندارد، اینها خلاف شرع است.
آیت‌الله صانعی ازجمله مراجع تقلیدی است که پس از انتخابات ریاست جمهوری دوره دهم در ایران، بارها نسبت به رفتار حکومت با دستگیرشدگان پس از انتخابات و زندانیان سیاسی اعتراض کرده است.
او در سخنرانی تازه خود با لحنی شدیدتر از گذشته به حکومت هشدار داده است: خدا نکند که باعث قتل مردم شویم خدا نکند مرتکب قتل فکر مردم که بدتر از قتل جان آنهاست شویم، و همین گونه است ضرر زدن به فکر مردم یعنی با دروغ و حیله افکار آنها از توجه به ظلم ظالمین منحرف سازیم.
آیت‌الله صانعی چند ماه پیش نیز گفته بود که نبود امکانات لازم زندگی انسان مانند بهداشت و درمان و کتاب در سلول یک زندانی، خلاف شرع و حرام است.
او هم‌چنین با انتقاد از وضعیت سیاسی حاکم بر کشور، وضعیت موجود را «استبداد» دانسته که به گفته او در تاریخ «بی‌سابقه» است.
آیت‌الله صانعی هشدار داده بود: جامعه امروز ایران نه نشاط دارد، نه امید. همه خانواده‌ها درگیرند. همه جامعه درگیر مشکلاتی چون فقر و اعتیاد و زندان است.
پس از اعلام نتیجه انتخابات ریاست جمهوری که خرداد ۱۳۸۸ برگزار شد، آیت‌الله صانعی از مهدی کروبی و میرحسین موسوی، رهبران معترضان به نتیجه انتخابات، حمایت کرد.
در ۲۴ خرداد سال ۸۹ پس از دیدار مهدی کروبی با آیت‌الله صانعی در منزل این مرجع تقلید، گروهی از لباس شخصی‌های هوادار دولت به دفتر آیت‌الله صانعی در قم حمله کردند و بخش زیادی از اموال دفتر او را تخریب کردند.
از آن تاریخ تاکنون آیت‌الله صانعی از موضع انتقادی خود عقب‌نشینی نکرده و به انتقاد از نحوه رفتار دولتمردان جمهوری اسلامی با زندانیان سیاسی و خانواده‌های آنها ادامه داده است.
