پنج مرجع تقلید در ایران، در پاسخ به سوالی درباره حذف قانون سنگسار، آن را حکمی الهی خوانده و گفته‌اند که «فقیه جامع‌الشرایط» و «حاکم شرع» می‌تواند به تشخیص خود اجرای این حکم را اجرا نکند یا اجرایش را به تعویق بیندازد.
پیش از این موسی قربانی، عضو کمیسیون حقوقی و قضایی مجلس از حذف مجازات سنگسار در قانون مجازات اسلامی خبر داده بود، اما تاکید کرده بود که برای این کار طبق ماده ۲۳ باید به فتاوی مراجع و نظرات ولی فقیه مراجعه کرد.
خبرگزاری ایسنا روز سه‌شنبه، ۲۲ فروردین ماه پاسخ پنج مرجع تقلید را درباره امکان حذف سنگسار در شرایط کنونی «که اجرای مجازات سنگسار از سوی دشمنان اسلام و قرآن دستاویزی جهت وهن احکام شرعی قرار گرفته» منتشر کرده است.
آیت‌الله نوری همدانی در پاسخ با تاکید بر این‌که «حکم الهی» تغییرپذیر نیست، کیفیت اجرای آن را به نظر حاکم شرع موکول کرد.
اما آیت‌الله ناصر مکارم شیرازی صراحتاً گفته که می‌توان جایگزینی برای حکم سنگسار قرار داد.
آیت‌الله موسوی اردبیلی نیز گفته است که مجازات رجم (سنگسار) قابل تغییر نیست، اما اگر «اجرای آن بر خلاف مصالح اسلام و مسلمین باشد، فقیه جامع‌الشرایط می‌تواند حکم به عدم اجرای آن بدهد.»
آیت‌الله جعفر سبحانی با تاکید بر دشواری اثبات «زنای محصنه» پاسخ داده که «اگر حاکم شرع احساس کرد اجرای حکم به این شیوه مشکلاتی دارد می‌تواند به نحو دیگری اجرای حد کند.»
آیت‌الله علوی گرگانی با تاکید بر این‌که مجازات سنگسار در فقه اسلامی ثابت است، گفته که اجرای این حکم موجب وهن اسلام و بی‌احترامی به آن است و موجب ضرر به اصل دین است و می‌توان آن را تغییر داد.
اما آیت‌الله حسینی زنجانی با تکرار شرط مورد نظر دیگر علما، از کلمه «باید» برای عدم اجرای حکم سنگسار استفاده کرده و گفته است که اگر به نظر فقیه جامع‌الشرایط اجرای حکمی در جامعه به دلیل عدم آمادگی فکری عموم مردم موجب سستی در اعتقاد و اصل اسلام می‌شود، در این صورت حفظ اسلام اهم است و اجرای حکم باید تا استحکام عقاید مسکوت بماند.
به موجب قانون مجازات اسلامی، مردان و زنانی که محکوم به انجام «زنای محصنه» شده‌اند، سنگسار می‌شوند.
زنای محصنه که به معنی هم بسترشدن زن متاهل با یک مرد و مرد متاهل با زن دیگری خارج از ازدواج شرعی است، در قانون مجازات اسلامی حکم سنگسار دارد.
براساس این حکم، مردان تا ناحیه کمر و زنان تا ناحیه سینه در یک گودال قرار می‌گیرند و سنگسار می‌شوند اما اندازه سنگ‌ها نباید به اندازه‌ای باشد که محکوم بلافاصله کشته شود.
اجرای حدود ازجمله سنگسار و دیگر مجازات واکنش مراجع دین و گروه های حقوق بشر را به دنبال داشت.
آیت‌الله صانعی که از او به عنوان یک نواندیش یاد می‌شود اجرای حدود را تنها در زمان امام معصوم جایز دانسته است.
اجرای مجازات سنگسار در کشور همچنین واکنش نهادهای حقوق بشری بین‌المللی، از جمله کمیسر حقوق بشر سازمان ملل را به دنبال داشت که سنگسار را غیرانسانی خواند.
با توجه به این واکنش های داخلی و خارجی، آیت‌الله هاشمی شاهرودی در سال ۱۳۸۱ دستو توقف اجرای حکم سنگسار را داد.
اما چون حکم سنگسار از قانون مجازات اسلامی حذف نشده، همچنان بعضی قضات رای به آن می‌دهند.
تیرماه سه سال پیش بود که یک عضو کمیسیون قضایی مجلس، در بررسی لایحه مجازات اسلامی به این نتیجه رسیده است که برای رعایت مصلحت نظام، برخی حدود اسلامی از جمله سنگسار در قانون بیان نشود.
علی شاهرخی تاکید کرد: اسلام در اجرای برخی حدود از جمله سنگسار، سخت‌گیری کرده و شرایطی را تعیین کرده است که اثبات آن به‌ندرت اتفاق می‌افتد از این‌رو اعضای کمیسیون قضایی و حقوقی به این نتیجه رسیدند که ضرورتی به ذکر برخی حدود در قانون نیست.
با این وجود پس از آن‌که به روال هر سال در قطعنامه شورای حقوق بشر سازمان ملل علیه نقض حقوق بشر در ایران از اجرای مجازات سنگسار در ایران انتقاد شده بود، محمدتقی رهبر، عضو کمیسیون قضایی و حقوقی مجلس آبان ماه سال ۸۹ مدعی شد که تاکنون حکم سنگسار در ایران اجرا نشده است.
محمدتقی رهبر گفت: این قطعنامه در حالی علیه ما صادر شده که ما تاکنون مجازات سنگسار انجام نداده‌ایم، اما اگر این حکم هم اجرا شود، در وهله نخست حکم خداست و در وهله دوم این احکام در مقابل شکنجه‌گاه‌های کشورهای زورگو مانند قطره‌ای در مقابل دریاست.
احمد شهید، گزارشگر ویژه سازمان ملل در امور حقوق بشر ایران، در تازه‌ترین گزارش خود درمورد وضعیت حقوق بشر در این کشور با انتقاد از مجازات سنگسار در ایران گفته است: طبق گزارش سازمان عفو بین‌الملل ۱۵ زن و مرد در ایران به اتهام «زنا» (طبق قانون اسلامی روابط جنسی نامشروع) در انتظار حکم سنگسار هستند. این درحالی است که طبق استانداردها و قوانین بین‌المللی، زنا حکم اعدام ندارد.
آقای شهید درعین حال از حذف مجازات سنگسار در قوانین ایران استقبال کرده و ابراز امیدواری کرده است که تمام موارد موجود محکومیت‌های سنگسار مورد بازبینی قرار گیرد.
فعالان حقوق زنان در ایران در آبان‌ماه سال ۸۵ به‌طور رسمی کارزار حذف قانون مجازات اسلامی درخصوص سنگسار را آغاز کردند. این کمپین پس از آن آغاز به کار کرد که در اردیبهشت همان سال به‌طور غیررسمی خبری مبنی بر سنگسار یک زن و مرد به گوش رسید.
علی‌رغم تکذیب مقامات رسمی از اجرای چنین حکمی، فعالان جنبش زنان در پی تحقیق و تفحص بسیار توانستند صحت اجرای این حکم را که طبق آن محبوبه م. و عباس. ح.، سنگسار شدند، تایید کنند.
حالا با نظر مثبت مراجع تقلید درباره عدم اجرای حکم سنگسار انتظار می‌رود در قانون جدید مجازات اسلامی، صراحتاً به این مساله اشاره شود.
