مهدی محسنی روزنامه‌نگار در یادداشتی به شواهد و دلایل اختلاف رهبر جمهوری اسلامی با محمود احمدی‌نژاد پرداخته است.
عکس از خبرگزاری مهر
محسن رفیقدوست می‌گوید حرف شنوی احمدی‌نژاد از آیت‌الله خامنه‌ای حتی از سیدمحمد خاتمی هم کمتر است. وی مدعی است سخن خامنه‌ای در جمع اعضای مجلس خبرگان که گفت "ازهمه دولت‌هایی که مردم انتخاب میکنند حمایت می‌کنم، تا کار مردم بگذرد به این معناست که هر کاری اینها میکنند مورد تایید رهبری نیست".
در همین حال خبرگزاری فارس به نقل از اسلامیان از اعضای جامعه مدرسین حوزه علمیه قم نوشت خامنه‌ای در دیدار با اعضای این تشکل هنگامی که صحبت به دولت کشید گفت «بنده از همه دولت‌ها حمایت كرده‌ام ولی این دولت با دولت‌های گذشته تفاوت دارد و فرق اساسی در این است كه تلاش نمی‌كند حاكمیت دوگانه درست كند.»
حاکمیت دوگانه در ادبیات آیت‌الله خامنه‌ای به معنای عدم تبعیت کامل دولت و مجلس در زمان دولت هفتم سید محمدخاتمی و مجلس اصلاح‌طلب ششم است. همچنین مشکلاتی که در زمان ریاست جمهوری با میر حسین موسوی داشت و عدم تسلطش بر همه ارگان نظام وقتی اکبر هاشمی رفسنجانی رئیس جمهور بود.
علیرضا اسلامیان به نقل از رهبر ایران اضافه می‌کند «در شرایط كنونی اختلاف‌نظر هست و من هم برخی مسائل را قبول ندارم اما الان اگر رهبری چیزی بگوید، رئیس جمهور می‌پذیرد و به آن عمل می‌كند.»
اما پس محل اختلافی که امثال رفیقدوست می‌گویند کجاست؟ رهبر جمهوری اسلامی و رئیس دولت در مورد سرکوب مخالفان، نقض حقوق بشر و آزادی‌های سیاسی و مدنی اختلافی ندارند، هر دو معتقد به حذف اصلاح‌طلبان و دگر اندیشان از عرصه سیاسی ایران هستند، سیاست تهاجمی و ماجراجویانه‌ی احمدی‌نژاد در عرصه بین‌المللی خواست رهبری است که خاتمی از آن پیروی نمی‌کرد. به موارد دیگری نیز می‌توان اشاره نمود که در حوصله این بحث نیست.
اما موارد اختلاف بیشتر میان حامیان رهبر و احمدی‌نژاد است که گاهی آیت‌الله خامنه‌ای را مجبور به دخالت می‌کند تا جبهه حامیانش -که منتقدان احمدی‌نژاد هستند- را راضی نگاه دارد.
بخشی از این اختلافات سیاسی است و به تقسیم قدرت باز می‌گردد. تقسیم کرسی‌هایی که با حذف اصلاح‌طلبان، حامیان هاشمی رفسنجانی و محافظه‌کاران میانه‌رو خالی مانده است.
البته آیت‌الله خامنه‌ای برای کنترل احمدی‌نژاد و محدود نمود وی از این اختلافات استقبال می‌کند. در این میان می توان به وجود مجلسی ضعیف و ناکارآمد اما غیر هماهنگ با دولت اشاره کرد که کسب رضایت مجلس در موراد ضروری توسط رئیس دولت را منوط به موافقت رهبر ایران کرده است.
بخش دیگر این اختلافات که اتفاقا اهمیت بسیاری دارد، رقابت‌های اقتصادی است که البته کمتر علنی شده. این درگیری‌ها در پنج‌ساله اخیر به شدت جریان داشته و حتی در برهه‌هایی از زمان موجب شده افرادی از بیت رهبری نیز زیر ضرب دولتی‌ها قرار بگیرند.
این نارضایتی‌ها و رقابت‌ها سیاسی و اقتصادی گله‌ها را افزایش داده و رهبر مجبور به اظهار نظر می‌گردد اما هیچگاه این انتقادات آنچنان افزایش نمی‌یابد تا جایگاه محمود احمدی‌نژاد تضعیف گردد و زمینه ساقط کردن وی فراهم شود. زیرا رهبری به واقع معتقد است سرنوشتش در این شرایط زمانی به دولت احمدی‌نژاد گره خورده است.
خامنه‌ای در مورد اسلام ایرانی، دوستی با مردم اسرائیل، رفتن زنان به ورزشگاه‌ها و اظهاراتی از این دست مشکلی ندارد. تا زمانی که روزنامه های منتقد توسط دولت ساکت می‌شوند، رقبای سیاسی رهبر مورد تهاجم دولتی‌ها قرار می‌گیرند و آیت‌الله‌ها و مراجع تقلید ناراضی اما ذی‌نفوذ جرات انتقاد نمی یابند.
آیت‌الله خامنه‌ای خشنود است که «امروز وقتی رئیس جمهور یا مسئول ارشدی از دولت به خارج از كشور می‌رود، من نگرانی ندارم اما قبلا نگران بودم كه مسئولان در خارج از كشور می‌خواهند چه بگویند؟». خشنودی که اگر مراقب نباشد برایش گران تمام خواهد شد.
از متن بالا اینطور استنباط میشود که خامنه ای به احمدی نژاد بگوید بمیر، ایشان تب میکنند (چیزی غریب در فرهنگ ایران). رابطه نوچه ای ولی با رئیس. چیزی که در فرهنگ ایران آنقدر عجین شده است که در تمامی سطوح جامعه دست به دست، نسل به نسل میشود. \n\nکسانیکه سفری به آلمان شرقی کرده باشند، بخوبی نوچه گری در سطوح جامعه آنزمان آلمان شرقی را مشاهده میکردند، چون فرهنگ “برادر بزرگ” از ابتدا نوچه پروری بود، نوچه گران انقلابی اکتبر قرمز یا نوچه گران انقلابی جمهوری اسلامی.\n\nحالا:\nتحلیلهای سطحی در باره ایران مثل خواندن the sun است. چون عمق روانشناسی سیاسی و اجتماعی و .. در آن جائی ندارد.
احمدی نژاد موقعیت ناپلئون قبل ازبه دست گرفتن قدرت را تداعی می کند.یکی ازدلایلی که دربرابرنام ونشان دارها ازاوحمایت شد، همین ویژگی به ظاهر بی ادعا بودن او بود.عضو ساده ی سپاه که حداکثر مقام اواستانداری اردبیل وشهرداری تهران بود، به یک باره بربالاترین مسند کشوربعدازرهبرتکیه زد.اما آیا او همچنان به یک رییس جمهورتحت الحمایه قانع است یا این که مانند ناپلئون نقشه های بزرگتری را درسر می پروراند؟ نباید این واقعیت را نادیده گرفت که او شطرنج باز ماهری است که می خواهد سربازرا به خانه ی آخربرساند و یک وزیربسازد. اوبارها گفته درانتخاب خودبه هیچ کس مدیون نیست ، مردم اورا به خاطرویژگی های خودش بوده که انتخابش کرده اند.مقاومت او درمورد رحیم مشائی وتمرد اوازفرمان رهبری اگرچه درمورد یک مسئله ی اساسی نبود اما نشان داد که او برای رای ونظر خود منهای رهبری حساب ویژه ای بازکرده ، شاید به همین خاطرهم بود که مسئولیت امنیت داخلی ازوزارت اطلاعات تحت امراو گرفته شد وبه سپاه تحت نظارت رهبری سپرده شد.شک نباید کرد که احمدی نژآد درصورتی گزینه ی مثبت است که کنترل شود.
اسلام ایرانی، کورش بازی از زمان خاتمی شروع شد، همین الان هم موسوی و خاتمی احمدی نژاد را سرزنش می کنند که چرا از پس “عربها” بر نمی آید. یادتان هم نرود که نصرالله لبنان چه روابط حسنه و گرمی با دولت خاتمی داشت، خودش هم می گفت که ما به اصلاح طلبهای خاتمی نزدیکتریم تا به محافظه کاران، خاتمی همان موقع ارسال اسلحه و کمک مالی به نصرالله را مد نظر داشت. بنابراین تحلیل شما که اساس اش به ضرر احمدی نژاد و خامنه ای و به نفع موسوی و خاتمی و هاشمی رفسنجانی است، رو هوا مانده و هیچ پایه ای ندارد. تناقضها و تضادهای جدی همه ی نیروهای مرتجع درون جمهوری اسلامی به این شکل قابل توضیح نیست.