رئیس سازمان زندان‌ها، اعتراض خانواده‌های زندانیان به وضعیت زندان‌ها را «حرف‌های ضدانقلاب» دانست و گفت: آن‌ها آزادی موجود در كشور ما را زيرسوال می‌برند چه برسد به وضعيت زندانيان.

غلامحسین اسماعیلی در حاشيه سفر رئیس قوه قضاييه و مسئولان عالی قضایی به استان هرمزگان، همچنین گفت: ما در زندان‌ها فارغ از نوع جرم محكومان، به همه زندانيان خدمات لازم را ارائه می‌دهیم و ربطی به نوع جرم آن‌ها ندارد، ضمن اين‌كه شايد بتوان گفت زندانيان امنيتی ما به نيم درصد كل زندانيان هم نمی‌‌رسند.

او در واکنش به نگرانی‌ها و انتقادها درباره سرمای زندان‌ها گفت: تاسيسات گرمايشی و سرمايشی زندان‌ها مرکزی و یکنواخت است. به گفته آقای اسماعیلی «بقيه زندانيان شكايتی ندارند و تنها برخی افراد كه خود را مدعی می‌دانند، انتظار دارند همه خدمات در اختيارشان قرار بگيرد».

رئیس سازمان زندان‌ها خاطرنشان کرد: ما در رساندن پوشاک به زندانيان منعی نگذاشته‌ايم و از نظر لباس، آزاد هستند. فراتر از اين موارد، در همان بندهايی كه برخی ادعا می‌كنند هوا سرد است، ماموران زندان شبانه‌روزدر حال انجام وظيفه هستند.

تاکنون برخی از زندانیان سیاسی از جمله علیرضا نوری‌زاد، مستندساز و روزنامه‌نگار در اعتراض به وضع بد زندان و شرایط نگهداری خود دست به اعتصاب غذا زدند. 

محمد نوری‌زاد در آذر ماه سال 1388 به دنبال نوشتن چند نامه به آیت‌‌الله علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی ایران، بازداشت شد.

او اوایل خرداد 1389 با قید وثیقه از زندان آزاد شد، اما روز 27 مرداد ماه و در پی نوشتن نامه دیگری خطاب به آیت‌الله خامنه‌ای، دوباره به زندان اوین فرا خوانده شد.

آیت‌الله یوسف صانعی، ازمراجع تقلید شیعه مخالف دولت، چندی پیش گفته بود: نبود امکانات لازم زندگی انسان مانند بهداشت و درمان و کتاب در سلول یک زندانی، خلاف شرع و حرام است.

در شرایطی که اعتراض‌ها نسبت به وضعیت زندان‌ها ادامه دارد، احمد جنتی، دبیر شورای نگهبان چندی پیش از مسئولان قضایی خواسته بود که به زندانیان سیاسی مرخصی نیز ندهند.

او گفته بود: بدون جهت به زندانيان مرخصی داده می‌شود كه مشاهده شده برخی از آن‌ها از مرزخارج شده‌اند و نبايد تصور شود با گرفتن يک وثيقه صد ميليونی، اين افراد به زندان بازمی‌گردند، چرا كه تجربه اين كار وجود داشته است.

برخی از زندانیان سیاسی مانند احمد زیدآبادی، عیسی سحرخیز و مسعود باستانی مدت زیادی را بدون مرخصی در زندان گذرانده‌اند. از سوی دیگر با درخواست بسیاری دیگر از زندانیان که برخی از آن‌ها بیمار هستند برای رفتن به مرخصی موافقت نمی‌شود.

حسین رونقی ملکی، وبلاگ‌نویس و فعال حقوق بشر که  از آذرماه ۱۳۸۸و به دنبال رویدادهای پس از دهمین دوره انتخابات ریاست جمهوری ایران بازداشت شد، یکی دیگر از زندانیانی است که مسئولان بهداری اوین، وضعیت جسمی او را وخیم اعلام کرده‌اند. آقای رونقی، مبتلا به سرطان کلیه است.

ایران به خصوص در جریان دستگیری‌های پس از انتخابات 1388، همواره از سوی کانون‌ها و مدافعان حقوق بشر به بدرفتاری با زندانیان محکوم شده است.

اواخر مرداد‌ماه گذشته و پس از گذشت دو هفته از اعتصاب غذای زندانیان سیاسی، گروه‌های مدافع حقوق بشر از ایران خواستند تا به «بدرفتاری» با زندانیان سیاسی پایان دهد. هیلاری کلینتون، وزیر خارجه آمریکا نیز از حکومت ایران خواست ‌است تا «تمامی زندانیان سیاسی را آزاد کند».