براساس تصمیم هیئت موسس دانشگاه آزاد اسلامی اکبر هاشمی رفسنجانی، حسن خمینی و حمید میرزاده به عنوان سه عضو هیئت امنای این دانشگاه انتخاب شدند.
در نخستین جلسه هیئت موسس دانشگاه آزاد اسلامی در سال ۱۳۹۰ که چهارشنبه شب هفتم اردیبهشت و به ریاست آقای هاشمی رفسنجانی برگزار شد این افراد به عنوان سه عضو از اعضای هیئت امنای دانشگاه معرفی و انتخاب شدند.
اکبر هاشمی رفسنجانی عضو هیئت موسس دانشگاه آزاد اسلامی و حمید میرزاده دبیر این هیئت هستند.
براساس اساسنامه جدید دانشگاه آزاد اسلامی وزیر علوم، وزیر بهداشت، رئیس نهاد نماینده رهبر جمهوری اسلامی در دانشگاه‌ها یا معاون او، رئیس دانشگاه آزاد، سه نفر به انتخاب هیئت موسس و سه نفر به انتخاب شورای عالی انقلاب فرهنگی، اعضای هیئت امنای دانشگاه آزاد اسلامی را تشکیل می‌دهند.
فرهاد دانشجو، بهمن صمدی یزدی و فریدون عزیزی پیش از این ازسوی اعضای شورای عالی انقلاب فرهنگی به عنوان سه عضو جدید هیئت امنای دانشگاه آزاد اسلامی معرفی شده بودند.
مطابق اساسنامه جدید دانشگاه آزاد اسلامی حکم اعضای هیئت امنای دانشگاه آزاد با امضای محمود احمدی‌نژاد، رئیس شورای عالی انقلاب فرهنگی، صادر خواهد شد.
پیش از این، اکبر هاشمی رفسنجانی، رئيس مجمع تشخیص مصلحت نظام و منتقد دولت آقای احمدی‌نژاد، به عنوان رئیس هیئت موسس دانشگاه آزاد این احکام را امضا می‌کرد.
در اردیبهشت ۸۹ نیز شورای عالی انقلاب فرهنگی با تغییر اساسنامه دانشگاه آزاد اختیارات هیئت موسس، هیئت امنا و رئیس این دانشگاه را محدود کرد و نام میرحسین موسوی، از رهبران مخالفان دولت را از هیئت موسس دانشگاه حذف کرد.
تغییر اساسنامه دانشگاه آزاد در سال ۱۳۸۵ و پس از بالا گرفتن اختلاف میان آقای احمدی‌نژاد و عبدالله جاسبی، رئیس دانشگاه آزاد، در دستور کار شورای عالی انقلاب فرهنگی قرار گرفت.
اعضای هیئت امنای دانشگاه آزاد اسلامی برای مدت چهار سال انتخاب شده‌اند و در نخستین جلسه این هیئت، یک نفر از اعضا به عنوان رئیس هیئت امنا معرفی خواهد شد.
