رئیس سازمان زندان‌ها گفته است که در ایران زندانی سیاسی وجود ندارد و افرادی که خود را زندانی سیاسی می‌دانند، «زندانی‌های امنیتی هستند». جرم سیاسی هنوز در قوانین ایران تعریف نشده است.
غلامحسین اسماعیلی با رد اعتراضات درباره مرخصی‌ندادن به شماری از زندانیان گفت: در قانون برای جرایم امنیتی مجازات تعریف شده است و افرادی که نسبت به وضعیت مرخصی زندانیان امنیتی اعتراض دارند باید آیین نامه سازمان زندان‌ها را بخوانند.
به گفته رئیس سازمان زندان‌ها در آیین نامه سازمان زندان‌ها آمده است که بعضی از زندانیان اصلا امکان استفاده از مرخصی را ندارند و تعدادی هم تحت شرایطی خاص امکان استفاده از مرخصی را دارند.
آقای اسماعیلی گفت افرادی که به دلیل «جرایم امنیتی» زندانی شده‌اند تنها بعد از موافقت دادستان می‌توانند از در زندان خارج شوند. بر این اساس نظر قاضی زندان هم در این ارتباط بی‌تاثیر است.
این مقام مهر ماه ۸۹ نیز گفته بود در زندان‌های ایران مجرم سیاسی نداریم و تعداد کمی از زندانیان ایران را افرادی با جرائم امنیتی تشکیل می‌دهند.
پیش از این روزنامه همشهری به نقل از علی‌اکبر یساقی، رئیس پیشین سازمان زندان‌ها، نوشته بود: زندان‌هایی که گاهی با مسامحه گفته می‌شود مرتکب جرم سیاسی شده‌اند، در واقع عنوان جرمشان نشر اکاذیب، افترا، تشویش افکار عمومی است که آن‌ها را با همین عنوان مجرمانه می‌شناسیم نه به‌عنوان زندانی سیاسی.
گروه پر شماری از فعالان سیاسی، فعالان حقوق بشر و روزنامه‌نگاران در سه دهه عمر جمهوری اسلامی حبس را تجربه کرده‌اند. در جریان انتخابات ریاست جمهوری سال ۸۸ و پس از آن نیز شمار زیادی از فعالان سیاسی و روزنامه‌نگاران بازداشت شدند و در مواردی نیز تا روز‌ها از سرنوشت آن‌ها اطلاعی در دست نبود.
به تدریج و با گسترش اعتراض‌ها، تعداد بیشتری از فعالان سیاسی، حقوقی و مدنی بازداشت شدند و چند ماه بعد با احکام سنگین قضایی روانه زندان‌ها شدند.
در رسانه‌های مستقل از حکومت، عموما از این زندانیان با عنوان «زندانی سیاسی» یاد می‌شود.
در سه سال گذشته زندانیان و خانواده‌های آن‌ها بار‌ها در اعتراض به وضعیت خود به مقامات زندان، قوه قضاییه، مجامع حقوق بشری نامه‌های اعتراض آمیز نوشته‌اند.
شماری از زندانیان سیاسی مانند عیسی سحرخیز بیش از ۳۰ ماه است بدون یک روز مرخصی در زندان به‌سر می‌برند. او در اعتراض به این موضوع بار‌ها دست به اعتصاب غذا زده و در حال حاضر در زندان دچار بیماری‌های مختلف شده است اما همچنان امکان استفاده از مرخصی را ندارد.
وضعیت جسمی مصطفی تاج‌زاده و نرگس محمدی از دیگر زندانیان سیاسی هم به گفته خانواده‌اش نامناسب است و در حالی که باید خارج از زندان به درمان بپردازند اما دادستانی با درخواست آن‌ها مخالفت کرده است.
سابقه تعریف جرم سیاسی در ایران به حدود یکصد سال پیش و در زمان تصویب قانون اساسی مشروطیت باز می‌گردد، اما هیچ‌گاه قانونی در باره آن به تصویب نرسید. پس از انقلاب سال ۵۷ با آنکه این موضوع به عنوان یکی از موارد مطرح در اصل ۱۶۸ قانون اساسی جمهوری اسلامی گنجانده شد و به تصویب رسید، اما هنوز به اجرا در نیامده است.
دولت هشتم به ریاست محمد خاتمی و نمایندگان ششمین دوره مجلس شورای اسلامی به طور جداگانه در لایحه و طرحی سعی در تعریف جرم سیاسی داشتند که هر دو طرح و لایحه بی‌نتیجه ماند.
در سال ۸۷ و در زمان ریاست هاشمی شاهرودی هم قوه قضاییه در چارچوب لایحه پیشنهادی قانون مجازات اسلامی مصادیقی از جرم سیاسی مطرح شد.
بر اساس این تعریف فعالیت‌های تبلیغی مؤثر علیه نظام، برگزاری اجتماعات یا راهپیمایی‌های غیرقانونی، نشر اکاذیب یا تشویش اذهان عمومی از طریق سخنرانی در مجامع عمومی، انتشار در رسانه‌ها، توزیع اوراق چاپی یا حامل‌های داده و امکان آن، تشکیل یا اداره جمعیت غیرقانونی یا همکاری موثر در آن‌ها، تلاش برای ایجاد یا تشدید اختلاف بین مردم در زمینه‌های دینی، مذهبی، فرهنگی و نژادی از مصادیق جرم سیاسی به شمار می‌رود.
همچنین برای مرتکبین جرایم سیاسی مجازات‌هایی از شش ماه تا دو سال حبس، تبعید و محرومیت از حقوق اجتماعی تا پنج‌سال در نظر گرفته شده است.
اما این لایحه هم با ایرادات مختلف شورای نگهبان بی‌نتیجه مانده تا همچنان بعد از انقلاب قانون مجازات اسلامی، در ایران به صورت آزمایشی اجرا شود. اجرای آزمایشی این قانون در سال ۱۳۸۹ هم تا پایان سال ۱۳۹۰ تمدید شد که در حال حاضر مدت تمدید قانون مجازات اسلامی تمام شده و مجلس هم دوباره آن را تمدید نکرده است.
