محمود احمدی‌نژاد در بازگشت از سفر یک هفته‌ای به مقر سازمان ملل در نیویورک آمریکا گفت از بازداشت علی اکبر جوانفکر مشاور مطبوعاتی خود به شدت متاسف است و این موضوع را پیگیری می‌کند.
رییس جمهوری ایران با یادآوری همزمانی این بازداشت با سخنرانی خودش در زامان ملل، گفت زمانی که «جهان منتظر شنیدن دیدگاه‌های ملت ایران در سازمان ملل بود»، در داخل ایران مشاور رئیس جمهوری را بازداشت کردند.
به زعم آقای احمدی‌نژاد تاسف بیشتر او به دلیل اتهام «توهین به رهبری» است که متوجه مشاور مطبوعاتی و مدیرعامل خبرگزاری دولت یعنی ایرنا شده است. رئیس جمهوری ایران تاکید کرد که هیچ ایرانی این موضوع را نمی‌پذیرد.
به نوشته خبرگزاری رسمی دولت ایران، ایرنا، پنجم مهرماه همزمان با سخنرانی محمود احمدی‌نژاد در مجمع عمومی سازمان ملل متحد، علی اکبر جوانفکر مشاور مطبوعاتی رئیس‌جمهوری ایران و مدیرعامل خبرگزاری جمهوری اسلامی، برای گذراندن دوران محکومیت به زندان اوین منتقل شد.
آقای جوانفکر آبان ماه سال گذشته به حکم دادستان تهران به اتهام «انتشار مطالب خلاف موازین اسلامی» در ویژه‌نامه‌ای با عنوان «خاتون» به شش ماه حبس و در مورد اتهام «انتشار مطالب و تصاویر خلاف عفت عمومی در این ویژه‌نامه» به شش ماه حبس محکوم شد.
روزنامه ایران، ۲۲ مردادماه سال ۹۰ ویژه‌نامه‌ای درباره حجاب زنان با عنوان خاتون منتشر کرد که به ادعای برخی از رسانه‌های اصول‌گرا، در مطالب آن «به چادر توهین شده و از طرح امنیت اخلاقی انتقاد شده بود.»
پس از این هم او در گفت وگویی جنجالی با روزنامه اعتماد در ارتباط با استعفای وزیر اطلاعات و اختلاف نظری که بین رهبر جمهوری اسلامی و رئیس جمهوری ایجاد شده بود گفت «با من تماس گرفتند که پذیرش استعفای مصلحی را از روی ایرنا بردار گفتم شما کی هستید؟ گفتند ما می‌گوییم بردارید و نظر آقا است» این خبر از روی سایت ایرنا حذف نشد. آقای جوانفکر در این مصاحبه انتقادهایی را هم علیه قوه قضاییه و اصولگرایان مطرح کرد. درپی این کنفرانس خبری، دو تن از نمایندگان دادستان تهران برای جلب آقای جوانفکر به مؤسسه ایران رفتند که به بروز درگیری میان آن‌ها و طرفداران مدیرمسئول ایران منجر شد.
حکم یک سال حبس و سه سال محرومیت از عضویت در احزاب و گروه‌های سیاسی به اتهام توهین به علی خامنه‌ای رهبر جمهوری اسلامی که مورد اعتراض علی‌اکبر جوانفکر قرار گرفته بود در اسفند ۹۰ تایید شد اما از آن تاریخ آقای جوانفکر بازداشت نشد.
آقای جوانفکر تیرماه دلیل اجرا نشدن حکم محکومیت خود را «وجود ولی فقیه عادل در راس نظام اسلامی» دانست. موضوعی که از سوی غلامحسین محسنی اژه‌ای، سخنگوی قوه قضائیه ایران رد شد و گفت که آقای خامنه‌ای توصیه‌ای درباره علی اکبر جوانفکر نداشته است.
شماری از نمایندگان هم به دلیل زمان بازداشت آقای جوانفکر به انتقاد از قوه قضائیه پرداختند.
مهدی هاشمی با «شبه‌انگیز» خواندن اجرای این حکم گفت که همه باید از این قبیل اقدامات پرهیز کنند.
این نماینده که با خبرگزاری ایسنا گفت و گو کرده ایجاد تحرکاتی در مخالفت با رئیس جمهوری همزمان با سفر‌های خارجی او را اشتباه دانست و گفت زمانی که رئیس جمهوری در سفر است به پشتیبانی عمومی در داخل کشور نیاز دارد. به گفته او بعضی از دستگاههای ایران به دنبال بهترین راهکار نمی‌روند و اولین چیزی را که به ذهنشان می‌رسد اجرا می‌کنند.
عبدالرضا عزیزی رییس کمیسیون اجتماعی مجلس هم بازداشت مشاور رسانه‌ای محمود احمدی‌نژاد در حالی که او در سفری خارجی به سر می‌برد را نامناسب دانست.
آقای عزیزی تاکید کرد علی اکبر جوانفکر از کشور خارج نمی‌شد و این امکان هم وجود داشت که او دو هفته دیرتر بازداشت می‌شد.
پیش از این هم زهرا طبیب‌زاده با اعلام این که در جریان جزئیات پرونده جوانفکر نیست، بازداشت او همزمان با سفر احمدی‌نژاد به آمریکا را نادرست دانسته بود.
به زعم این نماینده مجلس بازداشت مشاور رئیس جمهوری در این شرایط باعث سوء استفاده «جریانات فتنه‌گر» شده است.
