پس از سال‌ها رهبری پرونده‌های مطبوعاتی و امنیتی و توقیف و زندانی کردن د‌ه‌ها روزنامه‌نگار و فعال سیاسی، سعید مرتضوی از دادستانی تهران برکنار شد
با انتصاب عباس جعفری به عنوان دادستان عمومی و انقلاب تهران، سعید مرتضوی از سمت دادستانی تهران کنار رفت.
امروز صادق لاریجانی، رییس جدید قوه‌قضائیه در احکام جداگانه‌ای عباس جعفری را به عنوان دادستان تهران، حجت‌الاسلام احمد شفیعی را به سمت دادستان انتظامی قضات و حجت‌الاسلام احمد واعظی جزئی را به سمت معاون آموزشی قوه‌قضائیه منصوب کرد.
سعید مرتضوی پس از احیای مجدد دادسراها در اوایل ریاست سید محمود هاشمی شاهرودی، به سمت دادستان عمومی و انقلاب تهران منصوب شد.
آقای مرتضوی که 42 سال سن دارد، فعالیت خود در قوه قضائیه را در سال 1365، وقتی که 19 سال بیشتر نداشت به عنوان دادیار آغاز کرد.
او همزمان با شروع فعالیتش در قوه‌قضائیه، در اولین سال‌های تشکل دانشکاه آزاد، در این دانشگاه ثبت‌نام و شروع به تحصیل کرد.
مرتضوی که با آیت‌الله یزدی، رییس وقت قوه‌قضائیه نسبت خانوادگی دارد در سال 1373، وقتی 27 ساله بود، به سمت معاونت سیاسی دستگاه قضائی ارتقا پیدا کرد و مدتی بعد به ریاست شعبه 9 دادگاه عمومی تهران منتقل شد.
با شروع به کار دولت اصلاحات، مرتضوی به شعبه 1410 مجتمع قضائی کارکنان دولت، معروف به دادگاه مطبوعات منتقل شد و درآنجا محاکمه پرونده‌های مطبوعاتی را برعهده گرفت.
در این دوران به دلیل فعال نبودن دادسراها، قاضی بسیاری از مسئولیت‌های دادستان را بر عهده داشت. به همین‌خاطر مرتضوی در مقام قاضی دادگاه در این دوره بسیاری از مطبوعات اصلاح‌طلب را تعطیل کرد و روزنامه‌نگاران را به زندان انداخت.
مهمترین اقدام وی در این دوران، توقیف دسته‌جمعی تعدادی زیادی از مطبوعات در یک‌روز بود که بعدها از سوی میرحسین موسوی، «توقیف فله‌ای» مطبوعات لقب گرفت.
مرتضوی بعد از انتصاب به سمت دادستان تهران، به اقدامات خود علیه روزنامه‌نگاران، فعالان حقوق اجتماعی و سیاست‌مداران ادامه داد.
در دوره ریاست وی بر دادستانی تهران، تعداد زیادی از فعالان حقوق شهروندی، روزنامه‌نگاران و سیاست‌مداران به زندان افتادند.
از جمله پرونده‌های این دوره، ماجرای قتل زهرا کاظمی، روزنامه‌نگار در زندان و شکنجه گروهی از وبلاگ‌نویسان در دادگاه بود.
مرتضوی دوران دادستانی خود را با دستگیری و محاکمه نمایشی تعداد زیادی از اصلاح‌طلبان به پایان رساند.
