بحث دولتی شدن حوزه‌های علمیه از جمله مسائل بحث برانگیزی است که مخالفان و موافقانی دارد. از جمله آیت‌الله مکارم شیرازی از مراجع تقلید شیعیان، که بر مستقل بودن حوزه‌های علمیه تاکید دارد و دولتی شدن حوزه‌ و مراجع را مشکل ‌ساز می‌خواند و آیت الله حسینی بوشهری، مدیر سابق حوزه علمیه قم، کمک‌های دولتی را مانعی برای استقلال حوزه‌های علمیه نمی‌داند.

آیت‌الله مکارم شیرازی از مراجع تقلید شیعه، روز گذشته گفت که حوزه‌های علمیه و مراجع تقلید باید حامی نظام و دولت اسلامی باشند، اما اگر حوزه‌های علمیه «دولتی» شوند، جایگاه آن پایین خواهد آمد.

به گزارش پایگاه اینترنتی خبر حوزه، این مرجع تقلید در جمع هیات رئیسه مجمع نمایندگان طلاب حوزه علمیه قم بر حفظ استقلال حوزه‌های علمیه تاکید کرد و گفت که حامی دولت بودن به معنای وابسته بودن به دولت نیست.

این مرجع تقلید از جمله کسانی است که معتقد است حوزه‌های علمیه به عنوان یک نهاد مذهبی باید خارج از چتر حمایت‌های دولت باشند تا نه تنها استقلال آن حفظ شود، بلکه بتواند آزادانه با مسائل جاری مملکتی برخورد کند.

اما موضع‌گیری‌های سیاسی جامعه مدرسین و محققین حوزه علمیه قم، به عنوان اصلی‌ترین تشکیلات این حوزه، نگرانی‌هایی را در بین حامیان استقلال حوزه علمیه به وجود آورده است.

جامعه مدرسین تاکنون موضع انتقادی نسبت به حاکمیت نشان نداده و تنها از عملکرد دولت حمایت کرده است.

چنین واکنش‌هایی به تصور وابستگی حوزه به دولت دامن زده است.

از سوی دیگر، بروز برخی مشکلات مالی سبب می‌شود که حوزه‌های علمیه کمک‌های دولتی را بپذیرند و وابستگی مالی آنها به دولت‌ها افزایش یابد.

آیت‌الله حسینی بوشهری، مدیر پیشین حوزه علمیه قم کمک‌های دولتی را مانعی برای استقلال حوزه‌های علمیه نمی‌داند.

وی معتقد است: حوزه‌های علمیه زیرمجموعه دولت نیستند و حتی نقش طلبکارانه دارند، اما چون دولت، اسلامی است باید به مراکز اسلامی دینی خدمت کند.

آیت‌الله حسینی بوشهری می‌گوید: ما معتقدیم حوزه‌های علمیه باید مستقل باشند. حوزه نباید زیرمجموعه دولت یا در تقابل با دولت اسلامی باشد. وظیفه دولت اسلامی است که هر جا می تواند، به حوزه‌ها خدمت کند.

آیت‌الله خمینی، بنیانگذار جمهوری اسلامی از جمله کسانی بود که با استقلال حوزه‌های علمیه موافق بود.

او در یکی از سخنرانی‌های خود گفته بود: روحانیت باید مستقل و به صورت مردمی مانند همیشه باقی بماند و روحانیت آمیخته با دولت نشود.

علی لاریجانی، رئیس مجلس شورای اسلامی و نماینده مردم قم یکی دیگر از کسانی است که با دولتی شدن حوزه‌های علمیه مخالف است.

وی اواخر سال گذشته در دیدار با مدیریت حوزه‌های علمیه خواهران قم گفته بود که حوزه‌های علمیه «حتما» باید استقلال داشته باشند تا کارآمدی و مردمی بودن آن‌ها اثر بخش باشد.

آیت‌الله عبدالله جوادی آملی از مراجع تقلید شیعیان نیز معتقد است که حوزه علمیه مستقل و آزاد می‌تواند به جامعه و نظام خدمت کند و رهبران و مراجعی چون آیت‌الله خمینی را معرف کند.

او می‌گوید: رهبران فکری جامعه باید طوری زندگی کنند که دیگران بفهمند این‌ها نفوذ ناپذیر هستند و در حوزه ای آزاد و مستقل رشد پیدا کرده‌اند.

اما علی‌رضا امینی، مسئول دبیرخانه شورای عالی حوزه‌های علمیه قم نظر متفاوتی دارد. وی کمک‌های مالی دولت را مانعی برای مستقل بودن حوزه‌های علمیه نمی‌داند.

او می‌گوید: دولت به نهادهای مستقل دیگری هم کمک می‌کند؛ کمک به حوزه هم در این راستا تعریف می‌شود و حوزه می‌توانست همچنان استقلال خود را حفظ کند. به گفته آقای امینی، «هم پول می‌گیریم و هم مستقل هستیم».

طرفداران مستقل بودن حوزه‌های دولتی معتقدند که حوزه‌های علمیه به عنوان نهادی غیر دولتی همواره از محل کمک‌های مردمی و وجوهات شرعی، خود را از هضم شدن در دولت‌ها دور نگه داشته و همه امورات خود را با استقلال و خودکفایی به انجام رسانده‌اند.