محمد خاتمی، رئیس‌جمهور پیشین، دانشگاه را «پایگاه آزاداندیشی» دانسته و به دانشجویان توصیه کرده است که مردم‌سالاری را از محیط دانشگاه به کل جامعه منتقل کنند.
آقای خاتمی در دیدار با اعضای «انجمن اسلامی دانشگاه تهران و علوم پزشکی تهران» تاکید کرده است که دانشجویان نقش روشنگری و پیشتازی را در مسیر استقرار نظام مردم‌سالار ایفا کنند.
رئیس بنیاد باران که از منتقدان سیاست‌های دولت محمود احمدی‌نژاد است، فضای باز اندیشه و نظر را شرط «تامین امنیت جامعه» دانسته و در توصیف نظام مردم‌سالار گفته است که در این نظام «حاکمیت با مردم و از مردم است و در آن اندیشه و حرکت آزاد است».
براساس گزارش وبسایت رسمی «انجمن اسلامی دانشجویان دانشگاه تهران و علوم پزشکی تهران» آقای خاتمی جنبش دانشجویی را «جنبش اجتماعی معنی‌دار و موثر» توصیف کرده و دانشجویان را «به جانبداری از عدالت برای استقرار نظام عدالت و ستیز با جریانات خوار و اسیرکننده» دعوت کرده است.
رئیس دولت اصلاحات وظیفه دانشجویان را «آگاهی‌بخشی» مردم نسبت به اصول جمهوری اسلامی برشمرده و گفته است: در این نظام هم اندیشه آزاد است و هم همه شهروندان از هر آئین و گرایشی دارای حق و حرمت و حقوق شهروندی هستند.
آقای خاتمی، طراح «گفت‌وگوی تمدن‌ها»، طرز تفکر برخی که به گفته او «استبداد و خودکامگی» را به‌رسمیت می‌شناسند و برای رأی مردم اعتباری قائل نیستند را مردود شمرده و گفته است: با توجه به نقش انتخابات، انجمن‌های دانشجویی می‌توانند در باره اهمیت انتخابات در نظام مورد نظر و پافشاری بر انتخابات آزاد و سالم و مطلوب تلاش کنند.
اشاره آقای خاتمی به انتخابات مجلس نهم است که به گفته وزارت کشور و شورای نگهبان قرار است ۱۲ اسفند برگزار شود.
آقای خاتمی پیش از این با پیش‌بینی این‌که در آینده «شرایط سخت‌تر و راه‌ها بسته‌تر» خواهد شد، حضور اصلاح‌طلبان در انتخابات مجلس نهم را به آزادی زندانیان و ایجاد فضای آزاد برای همه احزاب و گروه‌ها مشروط کرده بود.
رئیس بنیاد با حمایت از نقد و نظر آزاد در دانشگاه‌ها گفته است که دانشگاه نه پادگان است و نه توجیه کننده سیاست‌ها و روش‌ها و خطاب به دانشجویان دیدارکننده تاکید کرده است: شمادانشجویان مسلمان باید پیشتاز نقد باشید.
محمد خاتمی با انتقاد از تحت فشار بودن استادان و دانشجویان، تاکید کرده است که دفاع از «حق و حرمت استادان آزاداندیش و دانشجو از هر گرایش و مرام وظیفه سنگین انجمن‌های دانشجویی است.
اشاره آقای خاتمی به بازنشستگی اجباری برخی از استادان دانشگاه‌ها و بازداشت شمار زیادی از دانشجویان منتقد پس از انتخابات دهمین دوره ریاست جمهوری است.
انجمن اسلامی دانشجویان دانشگاه تهران و علوم پزشکی تهران یک تشکل اصلاح‌طلب است که در زمان تبلیغات انتخابات ریاست جمهوری دوره دهم از نامزدی میرحسین موسوی حمایت کرد. این انجمن از زمان انتخابات ریاست جمهوری تاکنون با مراجع تقلید منتقد دولت نیز دیدارهایی داشته است.
آقای خاتمی به این انجمن دانشجویی تصریح کرده است که نسل روشنفکر و مسئول تا در درون خود تحول ایجاد نکند نمی‌تواند منتظر تحول اساسی در جامعه باشد.
