رئیس قوه قضائیه جمهوری اسلامی گفته است در هیچ جای دنیا هیچ دستگاهی به اندازه دستگاه قضائی ایران مستقل نیست. صادق آملی لاریجانی تاکید کرده است: این استقلال در حدی است که حتی رئیس جمهوری هم نمی‌تواند دستوری به قوه قضائیه بدهد.
آقای آملی لاریجانی گفته است که در قانون اساسی نیز به اهمیت دستگاه قضائی اشاره شده و مسئولان قضائی باید آگاه باشند که اگر کوتاهی در وظایف خود داشته باشند به اعتبار قوه قضائیه لطمه خواهند زد.
صادق آملی لاریجانی افزود: ما با آن‌چه که شان دستگاه قضائی است فاصله داریم و این موارد هشداری به دستگاه قضاست که اگر این اعتبار پایین بیاید کل نظام آسیب می‌بیند.
موضوع استقلال دستگاه قضائی به عنوان مرجعی برای استقرار عدالت در جامعه از جمله موارد مورد تاکید مسئولان بلند پایه و به ویژه رهبر پیشین و کنونی جمهوری اسلامی است و در قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران نیز بر استقلال قوه قضائیه و نیز قاضی تاکید شده است.
مراجع تقلید نیز بارها بر لزوم استقلال قوه قضائیه تاکید کرده‌اند اما سال گذشته، آیت‌الله ناصر مکارم شیرازی از برخی اعمال نفوذها در دستگاه قضائی، انتقاد کرده بود.
او گفته بود که گاهی دیده می‌شود که برخی افراد به دنبال اعمال نفوذ در قوه قضائیه هستند و می خواهند استقلال قضائی را زیر سئوال ببرند، حتی گاهی این کار از سوی برخی دولتمردان و گاه از سوی افراد متمکن انجام شده و باید جلوی همه این اعمال نفوذها گرفته شود و دستگاه قضائی همیشه مستقل بماند.
موضوعی که رئیس قوه قضائیه نیز چندی پیش تلویحا به آن اشاره کرده بود. صادق آملی لاریجانی گفته بود که گلوگاه‌هایی برای تحت فشار قرار دادن دستگاه قضائی وجود دارد که ما تلاش کرده‌ایم در مقابل آن‌ها بایستیم و تاکنون نتایج خوبی هم داشته است.
او گفته بود که در موارد مختلف گره‌های بزرگی در کار به وجود می‌آید که مجبور می شویم برای گشودن آن به رهبری رجوع کنیم تا مشکلات‌مان حل شود.
غلامحسین محسنی اژه‌ای، دادستان کل کشور و سخنگوی قوه قضائیه نیز شهریور ماه امسال از «فشارهایی که به دستگاه فضائی وارد می‌شود» انتقاد و تاکید کرده بود که یکی از فشارهایی که روی دستگاه قضائی وجود دارد به‌خاطر برخورد با مفسدان اقتصادی در رده‌های بالا است.
او گفته بود که قوه قضائیه در مورد برخورد با مفسدان اقتصادی تنها با یک فرد که دلایل خاصی دارد همکاری نمی‌کند.
آقای محسنی اژه‌ای، همچنین پیش از آن گفته بود که اتهام فساد اقتصادی برای محمدرضا رحیمی، معاون اول رئیس‌جمهوری، باید مورد رسیدگی قرار بگیرد تا به گفته او منجر به محکومیت یا تبرئه او شود.
اتهام فساد مالی به معاون اول رئیس‌جمهوری نخستین بار فروردین سال گذشته توسط الیاس نادران، نماینده اصولگرای منتقد دولت به رسانه‌ها راه پیدا کرد. پس از آن احمد توکلی، رئیس مرکز پژوهش های مجلس، از قوه قضائیه درخواست کرد تا آقای رحیمی را «تحت تعقیب» قرار دهد.
در واکنش به اتهام‌های مطرح شده، آقای رحیمی سخنان دادستان کشور را «جهت‌گیری آشکار و غیرقانونی یک مقام مسئول قضائی» دانست اما جلسه پاسخ‌گویی به اتهام فساد مالی خود را لغو کرد.
آقای رحیمی همچنین از همکاری نکردن دستگاه قضائی با دولت در برخورد با مفاسد اقتصادی انتقاد کرده بود.
بسیاری از حامیان دولت نیز به نحوه برخورد دستگاه قضائی با پرونده مفسدان انتقاد کردند اما مصطفی پورمحمدی، رئیس سازمان بازرسی کل ایران گفته بود برخی از این پرونده‌ها با نظر رهبری و با توجه به «مصلحت‌ها و ملاحظات» دیر‌تر رسیدگی می‌شود.
مبارزه با «فساد اقتصادی» یکی از برنامه‌های اصلی کاری دولت احمدی‌نژاد بود اما احمد توکلی، منتقد دولت، نماینده اصولگرا و رئیس مرکز پژوهش‌های مجلس ایران می‌گوید که بر اساس آمار سازمان شفافیت بین‌المللی، وضعیت فساد اقتصادی دولتی تا حدی است که فقط در یک سال فساد دولتی، ۳۴ میلیارد دلار برای اقتصاد ایران هزینه داشته است.
شهریور امسال بزرگترین اختلاس تاریخ ایران، که به اختلاس سه هزار میلیاردی در رسانه‌ها شهریت یافت، افشا شد و استعفا و برکناری مدیران عامل چند بانک بزرگ را در پی داشت.
هم‌زمان با انتشار خبر این تخلف بزرگ بانکی، اخباری پیرامون ارتباط اختلاس با برخی نزدیکان آقای احمدی‌نژاد مانند محمدرضا رحیمی، اسفندیار رحیم‌مشایی و حمید بقایی که پیش‌تر به فساد مالی متهم شده‌اند، نیز منتشر شد.
آقای اژه‌ای که به عنوان ناظر ویژه پرونده اختلاس انتخاب شده، گفته بود که تلاش می‌کند «ضعیف‌کشی نشود و افرادی که دارای قدرت هستند به واسطه قدرت و ارتباطشان با افراد مختلف از رسیدگی فرار نکنند».
