روزنامه کیهان در اولین شماره خود در سال ۱۳۹۲ محمد خاتمی را به خاطر پیام تسلیت‌اش به مناسبت درگذشت احمد صدر حاج سید جوادی از فعالان ملی مذهبی مورد انتقاد قرار داده است.
محمد خاتمی در پیام تسلیت خود به مناسبت درگذشت این فعال سیاسی نوشته بود او «پس از پیروزی انقلاب در کنار شخصیت والاقدر حضرت آقای مهندس بازرگان- که روانش شاد باد- در خدمت به جمهوری اسلامی و پاسداشت حق و حرمت مردم بود».
این روزنامه نزدیک به رهبر جمهوری اسلامی این پیام تسلیت را «تمجید از سران نهضت آزادی» دانسته و نوشته این موضع‌گیری در تعارض با گفته‌های آیت الله خمینی است که به نوشته کیهان سازمان مجاهدین خلق را فرزندان معنوی مهندس بازرگان دانسته بود.
تمجید محمد خاتمی از سران نهضت آزادی و بخصوص مهدی بازرگان اولین نخست وزیر ایران، از آن جهت اهمیت دارد که خود او پیش از این در زمان سرپرستی‌اش بر روزنامه کیهان در سرمقاله‌ای به مهدی بازرگان تاخته بود.
آقای خاتمی در ۲۶ دی‌ماه ۱۳۶۰ در سرمقاله‌ای در واکنش به سخنان آقای بازرگان نوشته بود: «لحن تعبیرات آقای بازرگان را اندکی تغییر دهید. خواهید دید که تفاوت چندانی میان سخنان ایشان و بسیاری از مقالات و گزارش‌هایی که در رادیوهای ضدانقلاب و رسانه‌های گروهی امپریالیستی می‌آید وجود ندارد... دیگر گروهک‌های ملحد و منحرف و محارب نمی‌توانند آزادانه علیه نظام جمهوری اسلامی به لجن‌پراکنی بپردازند و زمینه براندازی را فراهم آورند... آقای بازرگان از اینکه حتی در مجلس نمایندگان، آزادی عقیده و بیان وجود ندارد، سخت ابراز ناراحتی می‌کند و راست هم هست. دیگر گروهک‌های ملحد و منحرف و محارب نمی‌توانند آزادانه علیه نظام جمهوری اسلامی به لجن‌پراکنی بپردازند و زمینه براندازی را فراهم آورند.»
محمد خاتمی سال ۱۳۹۱ در گفتگو با وب سایت تاریخ ایرانی در مورد سابقه فعالیت رسانه‌ای‌اش سخن گفت و از جمله درباره سرمقاله‌ای که از او علیه مهدی بازرگان در روزنامه کیهان منتشر شده بود توضیح داد.
او محتوای آن نامه را از «اشتباهات» خود خوانده و گفته بود که «واقعاً اگر الان می‌خواستم مطالب را بنویسم، آنطور نمی‌نوشتم. بعضی مطالبی که آن وقت نوشتم جفا بود نسبت به افراد. با اینکه اختلاف نظر و اختلاف سلیقه داشتیم، همان زمان برای آن‌ها احترام قائل بودم، الان هم احترام قائلم. ولی بنده هم قبول دارم که بعضی وقت‌ها تحت تاثیر فضای احساساتی موجود قرار گرفتم. نمی‌توان همیشه از انسان انتظار داشت که احساس را نادیده بگیرد و منطق همیشه کارگر بیفتد. شاید توسط قلم من هم به عزیزان و بزرگانی در این مملکت جفا شده باشد. به هر حال هر کس در زندگی‌اش از این اشتباهات و مشکلات وجود دارد.»
احمد صدر حاج‌سیدجوادی، از بنیانگذاران نهضت آزادی و وزیر سابق کشور و دادگستری، در سن ۹۶ سالگی پس از یک دوره بیماری روز یکشنبه یازدهم فروردین درگذشت.
محمد خاتمی در پیام تسلیت خود از آقای صدر حاج سید جوادی با عنوان «بزرگ مرد ایمان و آزادگی و نجابت» نام برده بود.
