هاشمی شاهرودی قوه قضاییه را با چهار میلیون پرونده در سال 78 تحویل گرفت و در حالی ریاست بر این قوه را عهده‌دار شد که قوه قضاییه با مشکلات بسیاری دست به گریبان بود. محمد یزدی رییس پیشین آن در سال 73 دادسراها را با عنوان حذف روش های غربی و وارداتی از ساختار قوه قضاییه و اسلامی کردن هر چه بیشتر قوه قضاییه، حذف کرده بود تا در امور کیفری تمامی مراحل رسیدگی به پرونده ها از ابتدا تا پایان را بر عهده یک قاضی شود. حقوقدانان و کارشناسان در زمان ریاست محمد یزدی انتقادات بسیار زیادی نسبت به عملکرد رئیس وقت قوه قضاییه داشتند. تا اینکه با آغاز ریاست هاشمی شاهرودی بر این قوه، دادسراها دوباره احیا شد.

وقتی مردی که خود قربانی آزارهای بدنی است و طعم شکنجه های روحی و جسمی را در زندان های حکومت بعث چشیده است، به ریاست قوه قضاییه انتصاب شد، بارقه هایی از امید برای بسط توسعه و اصلاحات به قوه قضاییه، به وجود آمد، چنانچه در آغاز به کار هاشمی شاهرودی، سید محمد خاتمی، رئیس جمهور وقت و اعضای دفترش برای تبریک با پای پیاده به دفتر او رفتند و مطبوعات آغاز به کارش را میمون و مبارک پیش بینی کردند؛ چنانکه بنا به قول سید محمد علی ابطحی، معاون خاتمی، بعدها یکی از اعضای مؤثر قوه قضاییه فعلی عامل بسیاری از محدودیت های بر سر توسعه قوه قضاییه را حمایت های اصلاح طلبان توصیف کرده بود. سید محمود هاشمی شاهرودی در سابقه خود ریاست بر مجلس اعلای عراق، عضویت در شورای عالی حوزه علمیه قم، عضویت در شورای نگهبان قانون اساسی، در سال های قبل از ریاستش بر قوه قضاییه را دارد و به زبان های عربی و انگلیسی اشراف و تسلط دارد؛ فقیه مجتهدی از شاگردان سید محمد باقر صدر، که وجهه فقهی ومذهبی اش بسیار فربه تر از وجهه و کارنامه سیاسی او بوده و تألیفات زیادی در باب فقه شیعه از خود به جا گذاشته است.

هاشمی شاهرودی قوه قضاییه را با چهار میلیون پرونده در سال 78 تحویل گرفت و در حالی ریاست بر این قوه را عهده‌دار شد که قوه قضاییه با مشکلات بسیاری دست به گریبان بود. محمد یزدی رییس پیشین آن در سال 73 دادسراها را با عنوان حذف روش های غربی و وارداتی از ساختار قوه قضاییه و اسلامی کردن هر چه بیشتر قوه قضاییه، حذف کرده بود تا در امور کیفری تمامی مراحل رسیدگی به پرونده ها از ابتدا تا پایان را بر عهده یک قاضی شود. حقوقدانان و کارشناسان در زمان ریاست محمد یزدی انتقادات بسیار زیادی نسبت به عملکرد رئیس وقت قوه قضاییه داشتند. تا اینکه با آغاز ریاست هاشمی شاهرودی بر این قوه، دادسراها دوباره احیا شد. شاهرودی معاونت توسعه قضایی را ایجاد کرد و مبارزه با فساد در داخل دستگاه قضا را آغاز کرد به طوری که تا سال 83 بنا به اعلام سخنگوی این قوه بیش از هزار قاضی و کارمند فاسد از قوه قضاییه اخراج شدند. حبس‌زدایی، قضازدایی، مستقل کردن معاونت قضاییه و برخی هسته‌های توسعه‌گرا، تدوین برنامه‌های پینج ساله توسعه قضایی، ایجاد شوراهای حل اختلاف، ایجاد ستاد حفاظت اجتماعی، دادسری الکترونیک و تأکید بر تصویب و اجرای قانون از دیگر عملکردهای مثبت و حرکت های اصلاحی محمود هاشمی شاهرودی می‌توان نام برد.

از سویی در پیشینه روابط این قوه با دیگر قوا در زمان ریاست هاشمی شاهرودی می‌توان اتفاقاتی که گاه با تنش نیز همراه بوده است را مشاهده کرد. دستگیری لقمانیان، نماینده همدان در مجلس ششم، مرگ مشکوک زهرا کاظمی، زندانی شدن تعداد زیادی از فعالان سیاسی و اجتماعی و روزنامه نگار و محدویت‌های رسانه‌ای و توقیف آنان توسط دادستانی قوه قضاییه در زمانه دولت و مجلس‌داری اصلاح‌طلبان و همچنین مسئله پرونده موسویان، از اعضای تیم مذاکره کننده ایرانی و اختلافات گسترده در مورد مفاسد اقتصادی و دیگر مسائل، از تلاقی‌های بین اصولگرایان در حاکمیت و قوه قضاییه بوده است. قوه قضاییه در این سال‌ها مخاطب دو گونه انتقاد از دو طیف متفاوت بوده است؛ زمانی دولتیان فعلی از تبرئه و لغو توقیف روزنامه‌هایی که توسط دیلم وزارت ارشاد به محاق توقیف رفته‌اند، گلایه می‌کنند و زمانی بسته شدن فله‌ای روزنامه‌هایی که به میمنت سفره تسامح و تساهل وزارت فرهنگ، فضای رسانه‌ای کشور را رونق بخشیده بودند، پیکان انتقادات نخبگان و فعالان دموکراسی‌خواه را به سوی قوه قضاییه می‌تاباند و همچنان، انتقاد فعالان حقوق بشر و کنشگران دفاع از زندانیان به خصوص زندانیان سیاسی، همراه قوه قضاییه است. البته همه عملکرد این قوه را نمی توان بر یک نمط تحلیل کرد. قوه‌قضاییه در زمان این مجتهد بر دو پا راه می رفت، اما پایی در یک جغرافیا و پای دیگر در جغرافیایی دیگر.

در مورد مسئله مبارزه با مفاسد اقتصادی قوه‌قضاییه و در رأس آن محمود هاشمی شاهرودی هدف انتقادات شدید محافظه‌کاران در دولت و مجلس قرار گرفت به طوری که مهدی کوچک‌زاده، نماینده منصوبی از تهران در مجلس هفتم در بین بسیجیانی که در آذر 86 در اعتراض به قوه قضاییه تجمع کرده بودند، خطاب به شاهرودی، و با اشاره به گفته او که قوه قضاییه تحویل گرفته را به ویرانه تشبیه کرده بود، گفت: «از زمان نصبتان به این مقام نه تنها به ترمیم این ویرانه نکوشیدید بلکه به وسعت این ویرانه نیز افزودید.» و سایت عدالتخانه از پایگاه های خبری حامی احمدی نژاد، قوه قضاییه در زمان ریاست شاهرودی را به ویرانه‌ای تشبیه کرد که تبدیل به «خانه عقرب ها» شده و آخرین مورد آن مقاله اخیر حسین شریعتمداری در روزنامه کیهان است که مسئولان بلند پایه قضایی را به دریافت رشوه برای آزادی شهرام جزایری و همچنین زندگی و گذراندن اوقات در خانه‌های اشرافی و سرمایه‌داری متهم کرده است.

هاشمی شاهرودی نیز در طول مدت دولت نهم انتقادات زیادی را نسبت به دولت نهم مطرح کرده‌است. انتقاد نسبت به گسترش تصدی‌گری دولت در امور اقتصادی و یا انتقادات وی از برکناری و تغییرات گسترده وزیران احمدی نژاد که با واکنش شدید روزنامه ایران، به عنوان ارگان دولت، مواجه شد و انتقادات شاهرودی را ناقض اصل تفکیک قوا دانست و وی را به دخالت در امور دولت و همچنین عدم توجه به مشکلات قوه قضاییه متهم کرد. همچنین هاشمی شاهرودی در مورد مسائل مربوط به مبارزه با مفاسد اقتصادی، در خرداد 86 ، ریشه بسیاری از مفاسد اقتصادی را در بخش های اجرایی و تقنینی دانست و گفت: «بحث مفاسد اقتصادی اغلباً دارای ریشه‌ای در خارج از قوه قضاییه است، ولی اعلام می شود که قوه قضاییه برخورد نمی کند. در حالی که ریشه اصلی خیلی از این دعاوی و مشکلات به بخش های دیگر از جمله در بخش های اجرایی و تقنینی دارد» و ادامه می دهد: «معمولاً به قوه قضاییه انتقاد می شود که چرا این همه پرونده وجود دارد، ولی کمتر سؤال می‌شود که چرا و چگونه این تخلفات شکل می گیرد.»

اما فصل آخر، در ماه‌های آخر کار شاهرودی او را بیش از همیشه در سال های قبل از آن تحت توجه قرار داد. تحولات و اعتراضات پس از انتخابات ریاست جمهوری دهم و برخورد شدید با مردم معترض و مهم‌تر از آن فعالین سیاسی افزون‌تر از گذشته پیکان انتقادات را متوجه شخص وی کرد. اگر چه شخص رئیس قوه‌قضائیه دراین سال‌ها مقصد نامه‌های بسیاری برای تظلم‌خواهی و شکایت از وی و قوه تحت امرش بوده است، اما در این مدت، دفتر شاهرودی ترافیک نامه‌های بسیاری از مردم عادی گرفته تا خانواده زندانیان سیاسی و فعالان سیاسی در بند و همچنین بزرگان و مؤثران نظام.

محمود هاشمی شاهرودی پس از انتخابات موضع شفاهی چندانی نگرفت، اما بخش‌نامه او را برای برخورد با خبرنگارانی که به هر نحو با رسانه های خارجی همکاری می کنند و تأسیس شعبه ای برای رسیدگی به آسیب دیدگان حوادث را می توان از اقداماتی دانست که مستقیما از سوی او انجام شد. دستور شاهرودی برای تعیین تکلیف بازداشتی‌های سیاسی تا قبل از نیمه شعبان نیز مورد توجه زیر دستانش قرار نگرفت و موجب هیچ عمل و تغییری قرار نگرفت. عملکرد مجموعه قوه قضائیه، که قانوناً و حقوقاً در محدوده مسئولیت رئیس آن است، در مدت زمان پس از انتخابات دهم ریاست جمهوری اما نقطه مثبتی را در کارنامه شاهرودی به جا نگذاشت تا کار به جایی برسد که علما و مراجع بزرگی برای او ابراز تأسف کنند. از آیت‌اله محقق داماد، محقق و عالم شهیر دینی و هم‌درس و هم‌مباحثه‌ای شاهررودی تا آیت‌اله سیستانی و جوادی آملی، هر کدام به نحوی ناراحتی خود را از کسی که می‌توانست عمر خود را صرف علم کند و سرمایه بزرگ و مفید علمی ای برای حوزه های دینی باشد، بروز دهند.

اما از سوی دیگر نمی‌توان حظی تام از نفوذ و اختیار در تمامی سطوح قوه قضاییه برای رئیس آن، لااقل در مورد هاشمی شاهرودی، قائل شد. اعتراضاتش نسبت طرح مبارزه با بدحجابی، انتقادات و گلایه های تأمل‌برانگیز او در بین دادستان های سراسر کشور از نحوه بازجویی ها و اعمال فشار و پرونده سازی‌ها برای متهمان در اردیبهشت 84 و همچنین درخواست های مکرر ولی ناکام او برای برکناری سعید مرتضوی، دادستان کل تهران، و نمونه های دیگر از انتقاداتی که گلایه‌آمیزانه نسبت به مجموعه هایی که به نحوی تحت اختیار قوه قضاییه است، نشان از این مسئله دارد. در دو مرتبه، قبل از هر انتخابات ریاست جمهوری و در گرماگرم تحولات انتخاباتی، شاهد اعتراض و گلایه‌های تندی از سوی رییس قوه قضاییه از این قوه بوده‌ایم، و هر دو بار از روندهای اعمال فشار و بی‌عدالتی‌ها و پرونده‌سازی‌ها و عدم رعیت حقوق شهروندان از سوی دستگاه های مختلفق این قوه، گلایه سر داده است. این همه، چه چیز جز تشریفات قدرت را در ید رئیس این قوه می گذارد؟ آنچه که نیز بعد از انتخابانت ریاست جمهوری دهم بیان شد این بود که اگر رئیس این قوه، بر خلاف آن چه که در برگه قانون آمده است، از قدرتی برای تأثیرگزاری و جهت دهی در این قوه برخوردار نیست، ماندن او در این قوه و نظاره‌گر بودن این همه فجایع و قانون شکنی‌ها، به عنوان کسی که قانوناً همه مسئولیت‌ها بر گردن اوست، چه وجهی می‌تواند داشته باشد.

چندین بار دستور برای الغای سنگسار و یا توقف اعدام کودکان زیر 18 سال، اما ادامه این روندها همگی نشان از آن دارد که نمی توان حرف اول و آخر را نه برای قانون قائل بود و نه برای رئیس آن قوه. بر خلاف آن چه که باید باشد و آن حاکمیت ماده قانونی بر قوه قضائیه، در این بیست سال آن چه که فرمان رانده است قدرت مطلقه سیاسی بوده است. قدرتی که نه به اجتهاد قاضی‌القضات بستگی دارد و نه به فقاهتش، تا کارد مجتهدش هم برای خیلی از جاها کند شود و یا تیغه‌اش به دست عاملانی دیگر باشد.