احمد علم‌الهدی، امام جمعه مشهد گفت جریان‌هایی که در حوزه علمیه وجود داشت شدیدتر از «فتنه ۸۸» بود.
امام جمعه مشهد که در جلسه تحلیل و بررسی سفر رهبر به قم در مدرسه علمیه نواب سخن می‌گفت، تاکید کرد که اگر صدایی از حوزه بلند می‌شد، نه قابل سرکوب بود و نه قابل مقابله و مبارزه، و دشمن هم آتش را زیاد می‌کرد و این مسئله خطرناک بود.
آقای علم‌الهدی همچنین گفت که آیت‌الله علی خامنه‌ای، تمام «عملیات شیطانی» آن‌ها را که خیلی هم هزینه کرده بودند، با یک سفر حل کرد و این عالی‌ترین دستاورد سفر او به قم بود.
احمد علم‌الهدی با اشاره به «آن اساتیدی هم که به صورت جریان مطالباتی درآمده بودند» گفت که آن‌ها با رهبری بیعت کردند و دلداده‌ی ولایت شدند و رفت‌وآمدهای مراجع و رهبری به صورتی انجام گرفت که اگر حرکتی هم می‌خواست شکل بگیرد، زمینه‌اش نابود می‌شد.
امام جمعه مشهد با اشاره به آیت‌الله شبیری زنجانی، از مراجع تقلید گفت که اگرچه نیروهای متدین از این‌که او بر پیکر آیت‌الله حسنعلی منتظری نماز خوانده، از او دلگیر شدند، اما هنگامی که رهبر به قم آمد، خود او به دیدار رهبر رفت.
آیت‌الله شبیری زنجانی، از جمله مراجع تقلید منتقد سیاست‌های سرکوبگرانه حکومت ایران در ایام پس از انتخابات ریاست‌جمهوری سال گذشته بوده است.
امام جمعه مشهد در بخش دیگری از سخنان خود به گروهی از نسل جوان حوزه علمیه قم اشاره کرده و گفت: غیر از جریان روشنفکر دینی، یک جریانی شبیه اینها در حوزه به وجود آمده است که جریان اقلیتی است که متاسفانه در پوسته‌ای از نسل جوان حوزه موثر واقع شده‌اند که تحت عنوان روشن‌اندیشی، موضعی خاص دارند و تقریبا بیشتر از این‌که تحت تاثیر تفکرات دینی باشند، تحت تاثیر تفکرات جهانی هستند.
به گفته او، این افراد بیش از آن‌که بخواهند تفکرات جهانی را با اندیشه‌های دینی تطبیق دهند، درصددند که اندیشه‌های دینی را با تفکرات جهانی تطبیق دهند.
آقای علم‌الهدی درباره تفاوت این جریان از جریان روشنفکری دینی گفت: چراکه تفاوت اینها با دسته قبلی در این است که دسته قبلی تحت عنوان روشنفکران دینی هستند اما اینها اصطلاحات علمی و فلسفی رایج دنیای روز را گرفته‌اند و می‌خواهند محتوای اندیشه دینی را اصلاح کنند و به قول خودشان می‌خواهند اصطلاحات جدید علمی دنیا را در حوزه، بومی کنند و با یک محتوای دینی در این قالب، مطالب را به خورد نسل جوان دهند.
به گفته او، هرکس را فکر کنید تحت هر عنوانی که در مقابله با فتنه نقش داشته، اگر نقشش موثر بود، او تنها به عنوان یک سرباز ولایت وسط میدان آمده بود و چشمش به رهبر بود؛ خودش مدیریت نداشت و مدیریت مهار فتنه فقط برعهده شخص رهبری بود هرچند رهبر قبل از شروع انتخابات، فتنه را مدیریت کرد.
رهبر جمهوری اسلامی، 27 مهر، پس از 10 سال، سفری «رسمی» به قم داشت که 10 روز طول کشید. آیت‌الله خامنه‌ای در این سفر گفت: فتنه 88 کشور را در برابر میکروب‌های سیاسی واکسینه کرد.
سید‌علی خامنه‌ای، جمعه چهاردهم آبان در سفری «مجدد و کوتاه» به شهر قم، با آیت‌الله ناصر مکارم شیرازی، آیت‌الله حسین نوری همدانی و آیت‌الله جعفر سبحانی، سه مرجع تقلید دیدار کرد.
پس از آن نیز خبر رسید که رهبر جمهوری اسلامی دو بار دیگر به شهر قم سفر کرد.
او در حالی به دیدار دوباره سه مرجع تقلید رفت که شماری از مراجع تقلید در قم از جمله آیت‌الله یوسف صانعی همچنان به شرایط سیاسی موجود و نتیجه انتخابات ریاست‌جمهوری سال گذشته معترض هستند.
آیت‌الله اسدالله بیات زنجانی و آیت‌الله عبدالکریم موسوی اردبیلی نیز از جمله مراجعی بودند که پس از مرگ آیت‌الله حسین‌علی منتظری به اعتراض مراجع به شیوه برخورد حکومت ایران با مخالفان ادامه دادند.
